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dc.contributor.author
Buonfiglio, Paula Inés
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dc.contributor.author
Bruque, Carlos David
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dc.contributor.author
Goldschmidt, Ernesto
dc.contributor.author
Lotersztein, Vanesa
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dc.contributor.author
Menazzi, Sebastián
dc.contributor.author
Paoli, Bibiana
dc.contributor.author
Plazas, Paola Viviana
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dc.contributor.author
Elgoyhen, Ana Belen
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dc.contributor.author
Dalamon, Viviana Karina
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dc.date.available
2023-07-06T11:40:15Z
dc.date.issued
2020
dc.identifier.citation
In silico and in vivo analyses of novel variants identified by Whole Exome Sequencing in Argentinean deaf patients: To be or not be pathogenic; 53rd European Society of Human Genetics Conference; Viena; Austria; 2020; 189-189
dc.identifier.issn
1018-4813
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/202568
dc.description.abstract
Hereditary hearing loss (HHL) is the most common sensory disorder affecting 1 in 500 newborn children. Since HHL is related to more than 150 target genes, we designed a diagnosis strategy in order to identify pathogenic variants.A total of 1250 patients were analyzed for frequent mutations in GJB2 and GJB6 genes by Sanger Sequencing, genotyping 25% of them. From undiagnosed patients, 29 families were selected to perform Whole exome sequencing. After filtering and analysis process, 45% of patients were genotyped, identifying 23 causative mutations (11 novel, 12 reported) classified according to ACMG Standards.Some of the novel variants were further studied in silico by structural and stability studies of the mutated proteins. In addition, datasets from deafness and specific variant databases were correlated with different protein motifs in order to predict the theoretical pathogenicity effect of the aminoacid changes. Furthermore, knock-down phenotype rescue assays in zebrafish are underway to accomplish in vivo validation. In some cases, extensive analysis reinforced the pathogenicity prediction effect of variants and surprisingly, in one case, discouraged the deleterious effect of a genetic variant to the protein.Preliminary results in zebrafish confirmed the pathogenicity of one novel variant in the hair cell function and auditory system.This study shows that our algorithm is successful for the genetic diagnosis of deafness. Comprehensive analysis is crucial to strengthen prediction of variant pathogenicity. These findings highlight the importance of genetic studies followed by in silico and in vivo validation to better understand the genetic basis of HHL.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Nature Publishing Group
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
WES
dc.subject
HEARING LOSS
dc.subject
GENETICS
dc.subject
BIOINFORMATICS
dc.subject.classification
Genética Humana
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dc.subject.classification
Medicina Básica
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dc.subject.classification
CIENCIAS MÉDICAS Y DE LA SALUD
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dc.title
In silico and in vivo analyses of novel variants identified by Whole Exome Sequencing in Argentinean deaf patients: To be or not be pathogenic
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type
info:eu-repo/semantics/conferenceObject
dc.type
info:ar-repo/semantics/documento de conferencia
dc.date.updated
2022-11-09T18:34:34Z
dc.identifier.eissn
1476-5438
dc.journal.volume
28
dc.journal.number
S1
dc.journal.pagination
189-189
dc.journal.pais
Alemania
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dc.journal.ciudad
Berlín
dc.description.fil
Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Bruque, Carlos David. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán". Centro Nacional de Genética Médica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Goldschmidt, Ernesto. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Juan A. Fernández"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lotersztein, Vanesa. Ministerio de Defensa. Ejército Argentino. Hospital Militar Central Cirujano Mayor "Dr. Cosme Argerich"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Menazzi, Sebastián. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina
dc.description.fil
Fil: Paoli, Bibiana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentina
dc.description.fil
Fil: Plazas, Paola Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Cátedra de Farmacología. 3º Cátedra de Farmacología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Elgoyhen, Ana Belen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.nature.com/articles/s41431-020-00739-z
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1038/s41431-020-00739-z
dc.conicet.rol
Autor
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dc.coverage
Internacional
dc.type.subtype
Conferencia
dc.description.nombreEvento
53rd European Society of Human Genetics Conference
dc.date.evento
2020-06-06
dc.description.ciudadEvento
Viena
dc.description.paisEvento
Austria
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dc.type.publicacion
Journal
dc.description.institucionOrganizadora
European Society of Human Genetics
dc.source.revista
European Journal Of Human Genetics
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dc.date.eventoHasta
2020-06-09
dc.type
Conferencia
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