Mostrar el registro sencillo del ítem
dc.contributor.author
Llanos, Manuel
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Alberca, Lucas Nicolás
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Vilchez Larrea, Salomé Catalina
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Schoijet, Alejandra Cecilia
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Alonso, Guillermo Daniel
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Bellera, Carolina Leticia
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Gavenet, Luciana
dc.contributor.author
Talevi, Alan
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.date.available
2023-06-26T11:06:05Z
dc.date.issued
2022-01
dc.identifier.citation
Llanos, Manuel; Alberca, Lucas Nicolás; Vilchez Larrea, Salomé Catalina; Schoijet, Alejandra Cecilia; Alonso, Guillermo Daniel; et al.; Homology modeling and molecular dynamics simulations of Trypanosoma cruzi phosphodiesterase b1; Wiley VCH Verlag; Chemistry and Biodiversity; 19; 1; 1-2022; 159-175
dc.identifier.issn
1612-1872
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/201407
dc.description.abstract
Cyclic nucleotide phosphodiesterases have been implicated in the proliferation, differentiation and osmotic regulation of trypanosomatids; in some trypanosomatid species, they have been validated as molecular targets for the development of new therapeutic agents. Because the experimental structure of Trypanosoma cruzi PDEb1 (TcrPDEb1) has not been solved so far, an homology model of the target was created using the structure of Trypanosoma brucei PDEb1 (TbrPDEb1) as a template. The model was refined by extensive enhanced sampling molecular dynamics simulations, and representative snapshots were extracted from the trajectory by combined clustering analysis. This structural ensemble was used to develop a structure-based docking model of the target. The docking accuracy of the model was validated by redocking and cross-docking experiments using all available crystal structures of TbrPDEb1, whereas the scoring accuracy was validated through a retrospective screen, using a carefully curated dataset of compounds assayed against TbrPDEb1 and/or TcrPDEb1. Considering the results from in silico validations, the model may be applied in prospective virtual screening campaigns to identify novel hits, as well as to guide the rational design of potent and selective inhibitors targeting this enzyme.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley VCH Verlag
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
CHAGAS DISEASE
dc.subject
TRYPANOSOMA CRUZI
dc.subject
HOMOLOGY MODELING
dc.subject
MOLECULAR DOCKING
dc.subject
MOLECULAR DYNAMICS
dc.subject
PHOSPHODIESTERASE
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.title
Homology modeling and molecular dynamics simulations of Trypanosoma cruzi phosphodiesterase b1
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-06-22T10:19:21Z
dc.identifier.eissn
1612-1880
dc.journal.volume
19
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
159-175
dc.journal.pais
Suiza
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.journal.ciudad
Zurich
dc.description.fil
Fil: Llanos, Manuel. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencas Exactas. Laboratorio de Investigación y Desarrollo de Bioactivos; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata; Argentina
dc.description.fil
Fil: Alberca, Lucas Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencas Exactas. Laboratorio de Investigación y Desarrollo de Bioactivos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Vilchez Larrea, Salomé Catalina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Schoijet, Alejandra Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Alonso, Guillermo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Bellera, Carolina Leticia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencas Exactas. Laboratorio de Investigación y Desarrollo de Bioactivos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gavenet, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencas Exactas. Laboratorio de Investigación y Desarrollo de Bioactivos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Talevi, Alan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencas Exactas. Laboratorio de Investigación y Desarrollo de Bioactivos; Argentina
dc.journal.title
Chemistry and Biodiversity
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/cbdv.202100712
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1002/cbdv.202100712
Archivos asociados