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dc.contributor.author
Contreras, Susana Marisol
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dc.contributor.author
Zambrano Siri, Romina T.
dc.contributor.author
Rivera, Elias Maximiliano
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dc.contributor.author
Cristaldi, Constanza
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dc.contributor.author
Kamenetzky, Laura
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dc.contributor.author
Kim, Kami
dc.contributor.author
Clemente, Marina
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dc.contributor.author
Ocampo, Josefina
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dc.contributor.author
Vanagas, Laura
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dc.contributor.author
Angel, Sergio Oscar
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dc.date.available
2023-06-26T10:54:33Z
dc.date.issued
2022-09-15
dc.identifier.citation
Contreras, Susana Marisol; Zambrano Siri, Romina T.; Rivera, Elias Maximiliano; Cristaldi, Constanza; Kamenetzky, Laura; et al.; Architecture, chromatin and gene organization of Toxoplasma gondii subtelomeres; Multidisciplinary Digital Publishing Institute; Epigenomes; 6; 3; 15-9-2022; 1-22
dc.identifier.issn
2075-4655
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/201402
dc.description.abstract
Subtelomeres (ST) are chromosome regions that separate telomeres from euchromatin and play relevant roles in various biological processes of the cell. While their functions are conserved, ST structure and genetic compositions are unique to each species. This study aims to identify and characterize the subtelomeric regions of the 13 Toxoplasma gondii chromosomes of the Me49 strain. Here, STs were defined at chromosome ends based on poor gene density. The length of STs ranges from 8.1 to 232.4 kbp, with a gene density of 0.049 genes/kbp, lower than the Me49 genome (0.15 kbp). Chromatin organization showed that H3K9me3, H2A.X, and H3.3 are highly enriched near telomeres and the 5′ end of silenced genes, decaying in intensity towards euchromatin. H3K4me3 and H2A.Z/H2B.Z are shown to be enriched in the 5′ end of the ST genes. Satellite DNA was detected in almost all STs, mainly the sat350 family and a novel satellite named sat240. Beyond the STs, only short dispersed fragments of sat240 and sat350 were found. Within STs, there were 12 functional annotated genes, 59 with unknown functions (Hypothetical proteins), 15 from multigene FamB, and 13 from multigene family FamC. Some genes presented low interstrain synteny associated with the presence of satellite DNA. Orthologues of FamB and FamC were also detected in Neospora caninum and Hammondia hammondi. A re-analysis of previous transcriptomic data indicated that ST gene expression is strongly linked to the adaptation to different situations such as extracellular passage (evolve and resequencing study) and changes in metabolism (lack of acetyl-CoA cofactor). In conclusion, the ST region of the T. gondii chromosomes was defined, the STs genes were determined, and it was possible to associate them with high interstrain plasticity and a role in the adaptability of T. gondii to environmental changes.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Multidisciplinary Digital Publishing Institute
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
TOXOPLASMA
dc.subject
SUBTELOMEROS
dc.subject
CROMATINA
dc.subject
ARQUITECTURA
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Architecture, chromatin and gene organization of Toxoplasma gondii subtelomeres
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-06-22T10:21:03Z
dc.journal.volume
6
dc.journal.number
3
dc.journal.pagination
1-22
dc.journal.pais
Suiza
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dc.journal.ciudad
Basilea
dc.description.fil
Fil: Contreras, Susana Marisol. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; Argentina
dc.description.fil
Fil: Zambrano Siri, Romina T.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Rivera, Elias Maximiliano. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cristaldi, Constanza. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; Argentina
dc.description.fil
Fil: Kamenetzky, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular. Laboratorio de Fisiología y Biología Molecular; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Biociencias, Biotecnología y Biología Traslacional; Argentina
dc.description.fil
Fil: Kim, Kami. University of South Florida; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Clemente, Marina. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ocampo, Josefina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Vanagas, Laura. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; Argentina
dc.description.fil
Fil: Angel, Sergio Oscar. Universidad Nacional de San Martin. Instituto Tecnologico de Chascomus. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Conicet - la Plata. Instituto Tecnologico de Chascomus.; Argentina
dc.journal.title
Epigenomes
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.3390/epigenomes6030029
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.mdpi.com/2075-4655/6/3/29
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