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dc.date.available
2023-04-11T15:31:53Z
dc.identifier.citation
Goncalves, Alejandra Lorena; García, María Victoria; Heuertz, Myriam; (2023): Sequence-based microsatellites: High-throughput genotyping in the non-model Neotropical tree species Anadenanthera colubrina var. cebil (Leguminosae). Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/193289
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/193289
dc.description.abstract
La secuenciación mediante la tecnología Next-generation sequencing (NGS) permite el desarrollo de datos genotípicos de cientos de individuos, partiendo de la obtención de secuencias cortas de ADN mediante la técnica shotgun-sequencing de genoma completo, reacciones en cadena de la polimerasa (PCR) multiplex e indexadas por cebadores para separar las lecturas de cada secuencia. El objetivo general del presente desarrollo tecnológico fue generar datos SSRseq para una especie forestal no modelo mediante la tecnología de genotipificación basada en NGS. Se desarrollaron 60 nuevos marcadores genéticos, específicamente, marcadores microsatélites basados en secuencias (SSRseq) para la especie forestal nativa Anadenanthera colubrina var. cebil (Leguminosae). Se procesó un total de 542 muestras individuales de hojas, se realizó el pesaje de las muestras y la extracción de ADN genómico total desde hojas de individuos adultos y plántulas resultantes de la germinación de semillas cosechadas a partir de árboles madre. Se extrajo ADN genómico total aplicando el protocolo de extracción CTAB (Doyle, 1991, modificado por M. Heuertz en 2021) en el laboratorio de la Plataforma de Biología Molecular de la unidad mixta de investigación (UMR) Biogeco (Biodiversité, Gènes et Communautés) del INRAE (Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement, Francia). Se evaluó la calidad y cantidad de ADN extraído utilizando un espectrofotómetro Nanodrop 2000, analizando la pureza de las muestras mediante la comparación de valores numéricos de transmitancia y absorbancia en las longitudes de onda 260/280 y 260/230. La concentración final de ácidos nucleicos fue superior a 80 ng/μL. Se procedió a la amplificación y el desarrollo de bibliotecas de marcadores mediante secuenciación de alto rendimiento empleando la metodología propuesta por Lepais et al. (2020) en la plataforma Genome Transcriptome Facility of Bordeaux (PGTB) de la UMR Biogeco.
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.title
Sequence-based microsatellites: High-throughput genotyping in the non-model Neotropical tree species Anadenanthera colubrina var. cebil (Leguminosae)
dc.type
dataset
dc.date.updated
2023-04-11T14:55:00Z
dc.description.fil
Fil: Goncalves, Alejandra Lorena. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Biología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: García, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Genética; Argentina
dc.description.fil
Fil: Heuertz, Myriam. Biodiversité, Gènes Et Communautés; Francia
dc.rights.license
Datos sujetos al derecho de propiedad intelectual
dc.datacite.PublicationYear
2023
dc.datacite.Creator
Goncalves, Alejandra Lorena
dc.datacite.Creator
García, María Victoria
dc.datacite.Creator
Heuertz, Myriam
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Biología
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Genética
dc.datacite.affiliation
Biodiversité, Gènes Et Communautés
dc.datacite.publisher
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.subject
Genética y Herencia
dc.datacite.subject
Ciencias Biológicas
dc.datacite.subject
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.datacite.subject
Bioquímica y Biología Molecular
dc.datacite.subject
Ciencias Biológicas
dc.datacite.subject
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.datacite.date
01/02/2022-02/05/2022
dc.datacite.DateType
Creado
dc.datacite.language
eng
dc.datacite.version
1.0
dc.datacite.FundingReference
CEBA:ANR-10-LABX-2501
dc.datacite.FundingReference
SSRSeq_Anadenanthera
dc.datacite.FunderName
AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE
dc.datacite.FunderName
BIODIVERSITÉ, GÈNES ET COMMUNAUTÉS (BIOGECO)
dc.subject.keyword
GENOTYPING
dc.subject.keyword
SEQUENCE-BASED MICROSATELLITES
dc.subject.keyword
NEXT-GENERATION SEQUENCING
dc.subject.keyword
CEBIL
dc.datacite.resourceTypeGeneral
dataset
dc.conicet.datoinvestigacionid
6380
dc.datacite.geolocation
Selva de las Yungas
dc.datacite.geolocation
Selva Paranaense
dc.datacite.geolocation
Chaco Húmedo
dc.datacite.geolocation
Delta e Islas del Río Paraná
dc.datacite.geolocation
Campos y Malezales
dc.datacite.formatedDate
2022
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SSRseq_Anadenanthera.xlsx
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