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dc.contributor.author
Abadia, Edgar
dc.contributor.author
Zhang, Jian
dc.contributor.author
dos Vultos, Tiago
dc.contributor.author
Ritacco, Gloria Viviana
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dc.contributor.author
Kremer, Kristin
dc.contributor.author
Aktas, Elif
dc.contributor.author
Matsumoto, Tomoshige
dc.contributor.author
Refregier, Guislaine
dc.contributor.author
van Soolingen , Dick
dc.contributor.author
Gicquel, Brigitte
dc.contributor.author
Sola, Christophe
dc.date.available
2023-03-02T18:01:59Z
dc.date.issued
2010-07
dc.identifier.citation
Abadia, Edgar; Zhang, Jian; dos Vultos, Tiago; Ritacco, Gloria Viviana; Kremer, Kristin; et al.; Resolving lineage assignation on Mycobacterium tuberculosis clinical isolates classified by spoligotyping with a new high-throughput 3R SNPs based method; Elsevier Science; Infection, Genetics and Evolution; 10; 7; 7-2010; 1066-1074
dc.identifier.issn
1567-1348
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/189442
dc.description.abstract
We developed a new multiplexed-PCR assay to accurately classify Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) isolates at the sublineage level by single nucleotide polymorphisms (SNPs). This method relies on 7 SNPs located in different genes of the MTC strains (recC, rec0, recR, ligB, ligC, alkA, and mgtC). Most of these genes are involved in replication, repair and recombination (3R) functions of M. tuberculosis strains, four of the mutations are synonymous, and thus neutral. Genes were chosen as a first empirical approach to assess the congruence between spoligotyping-based phylogeographical classification and SNP typing.This scheme efficiently classifies most of MTC phylogeographical groups: (1) confirming and identifying new sublineage-specific SNPs, (2) unraveling phylogenetical relationships between spoligotyping-defined MTC sublineages, (3) appropriately assigning sublineages to some spoligotypes and reassigning sublineages to other mis-labeled spoligotype signatures. This study opens the way to a more meaningful taxonomic, evolutionary and epidemiological classification. It also allows evaluation of spoligotype-signature significance towards a more comprehensive understanding of the evolutionary mechanisms of the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) locus in MTC.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Elsevier Science
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
CRISPR
dc.subject
EVOLUTION
dc.subject
HIGH-THROUGHPUT
dc.subject
MULTIPLEX
dc.subject
MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEX
dc.subject
PHYLOGENY
dc.subject
POPULATION STUDIES
dc.subject
SNPS
dc.subject
SPOLIGOTYPING
dc.subject.classification
Biología Celular, Microbiología
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.subject.classification
Enfermedades Infecciosas
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dc.subject.classification
Ciencias de la Salud
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dc.subject.classification
CIENCIAS MÉDICAS Y DE LA SALUD
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dc.title
Resolving lineage assignation on Mycobacterium tuberculosis clinical isolates classified by spoligotyping with a new high-throughput 3R SNPs based method
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-03-02T15:23:39Z
dc.journal.volume
10
dc.journal.number
7
dc.journal.pagination
1066-1074
dc.journal.pais
Países Bajos
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dc.journal.ciudad
Amsterdam
dc.description.fil
Fil: Abadia, Edgar. Université de Paris XI; Francia
dc.description.fil
Fil: Zhang, Jian. Université de Paris XI; Francia
dc.description.fil
Fil: dos Vultos, Tiago. Instituto Pasteur; Francia
dc.description.fil
Fil: Ritacco, Gloria Viviana. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Kremer, Kristin. National Institute Of Public Health And The Environment; Países Bajos
dc.description.fil
Fil: Aktas, Elif. Inonu University Medical Faculty; Turquía
dc.description.fil
Fil: Matsumoto, Tomoshige. onguldak Karaelmas University Hospital; Japón
dc.description.fil
Fil: Refregier, Guislaine. Université de Paris XI; Francia
dc.description.fil
Fil: van Soolingen , Dick. National Institute Of Public Health And The Environment; Países Bajos
dc.description.fil
Fil: Gicquel, Brigitte. Instituto Pasteur; Francia
dc.description.fil
Fil: Sola, Christophe. Université de Paris XI; Francia
dc.journal.title
Infection, Genetics and Evolution
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134810001942
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2010.07.006
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