Análisis simultáneo de filiación, condiciones genéticas y caracteres cualitativos mediante targeted-NGS en perros

Abstract

La secuenciación de nueva generación (NGS) es una herramienta eficaz para analizar de filiación, detectar condiciones genéticas y estudiar caracteres cualitativos. El NGS targeted tiene como objetivo lograr el "enriquecimiento dirigido" a las regiones del genoma de interés (reduce la cobertura y aumenta la profundidad), y reducir costos y esfuerzos, en comparación con la secuenciación del genoma completo. A partir de 95 muestras clínicas caninas (76 doberman y 19 caniches toy), generamos información genotípica de 387 marcadores utilizando la versión beta del kit AgriSeq Targeted GBS (Thermo Fisher, EE.UU.). Se calculó el poder de exclusión de 228 SNPs de parentesco con el software Cervus 3.0. El análisis de paternidad de los animales con pedigree demostró una asignación correcta del 91% (LOD < 4,26E+14) y 100% (LOD < 2,87E+15) de las comparaciones de pares y tríos, respectivamente. Al considerar falsos padres se asignaron erróneamente 1.7% de los pares, y ninguno de los tríos. Se detectaron 3 marcadores polimórficos de enfermedad (degeneración progresiva de conos y bastones, enfermedad de von Willebrand tipo 1 y una mutación en PDK4 asociada con cardiomiopatía dilatada) ya reportados en estas razas. Estos resultados fueron validados por pirosecuenciación con una concordancia de entre 94 y 100%. Los 12 marcadores de caracteres cualitativos polimórficos correspondía a genes de color y tipo de pelaje, los que se compararon con los fenotipos de los animales. El uso de Targeted NGS es una muy buena alternativa para la evaluación genética masiva de poblaciones animales.