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dc.contributor.author
Lopez, Mariana Gabriela
dc.contributor.author
Fass, Mónica Irina
dc.contributor.author
Rivas, Juan Gabriel
dc.contributor.author
Carbonell Caballero, José
dc.contributor.author
Vera, Pablo
dc.contributor.author
Puebla, Andrea
dc.contributor.author
Defacio, Raquel Alicia
dc.contributor.author
Dopazo, Joaquin
dc.contributor.author
Paniego, Norma Beatriz
dc.contributor.author
Hopp, Horacio Esteban
dc.contributor.author
Lia, Verónica Viviana
dc.date.available
2023-01-24T11:06:01Z
dc.date.issued
2021-06
dc.identifier.citation
Lopez, Mariana Gabriela; Fass, Mónica Irina; Rivas, Juan Gabriel; Carbonell Caballero, José; Vera, Pablo; et al.; Plastome genomics in South American maize landraces: Chloroplast lineages parallel the geographical structuring of nuclear gene pools; Oxford University Press; Annals of Botany; 128; 1; 6-2021; 115-125
dc.identifier.issn
0305-7364
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/185340
dc.description.abstract
Background and Aims: The number of plastome sequences has increased exponentially during the last decade. However, there is still little knowledge of the levels and distribution of intraspecific variation. The aims of this study were to estimate plastome diversity within Zea mays and analyse the distribution of haplotypes in connection with the landrace groups previously delimited for South American maize based on nuclear markers. Methods: We obtained the complete plastomes of 30 South American maize landraces and three teosintes by means of next-generation sequencing (NGS) and used them in combination with data from public repositories. After quality filtering, the curated data were employed to search for single-nucleotide polymorphisms, indels and chloroplast simple sequence repeats. Exact permutational contingency tests were performed to assess associations between plastome and nuclear variation. Network and Bayesian phylogenetic analyses were used to infer evolutionary relationships among haplotypes. Key Results: Our analyses identified a total of 124 polymorphic plastome loci, with the intergenic regions psbE-rps18, petN-rpoB, trnL_UAG-ndhF and rpoC2-atpI exhibiting the highest marker densities. Although restricted in number, these markers allowed the discrimination of 27 haplotypes in a total of 51 Zea mays individuals. Andean and lowland South American landraces differed significantly in haplotype distribution. However, overall differentiation patterns were not informative with respect to subspecies diversification, as evidenced by the scattered distribution of maize and teosinte plastomes in both the network and Bayesian phylogenetic reconstructions. Conclusions: Knowledge of intraspecific plastome variation provides the framework for a more comprehensive understanding of evolutionary processes at low taxonomic levels and may become increasingly important for future plant barcoding efforts. Whole-plastome sequencing provided useful variability to contribute to maize phylogeographic studies. The structuring of haplotype diversity in the maize landraces examined here clearly reflects the distinction between the Andean and South American lowland gene pools previously inferred based on nuclear markers.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
CPSSR
dc.subject
INTRASPECIFIC VARIATION
dc.subject
MAIZE DISPERSAL
dc.subject
MAIZE LANDRACES
dc.subject
WHOLE-PLASTOME SEQUENCING
dc.subject
ZEA MAYS
dc.subject.classification
Biología
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Plastome genomics in South American maize landraces: Chloroplast lineages parallel the geographical structuring of nuclear gene pools
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2022-09-21T11:22:33Z
dc.identifier.eissn
1095-8290
dc.journal.volume
128
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
115-125
dc.journal.pais
Reino Unido
dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Lopez, Mariana Gabriela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Instituto de Biomedicina de Valencia; España
dc.description.fil
Fil: Fass, Mónica Irina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Rivas, Juan Gabriel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Carbonell Caballero, José. Centro de Regulación Genómica; España
dc.description.fil
Fil: Vera, Pablo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación En Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Puebla, Andrea. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación En Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Defacio, Raquel Alicia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires Norte. Estación Experimental Agropecuaria Pergamino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Dopazo, Joaquin. Hospital Virgen del Rocío; España
dc.description.fil
Fil: Paniego, Norma Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación En Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Hopp, Horacio Esteban. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación En Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lia, Verónica Viviana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación En Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.journal.title
Annals of Botany
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/aob/advance-article/doi/10.1093/aob/mcab038/6161338
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1093/aob/mcab038
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