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dc.contributor.author
Morales, Marianela Estefania
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dc.contributor.author
Allegrini, Marco
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dc.contributor.author
Basualdo, J.
dc.contributor.author
Villamil, M. B.
dc.contributor.author
Zabaloy, Maria Celina
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dc.date.available
2023-01-10T10:50:32Z
dc.date.issued
2020-02
dc.identifier.citation
Morales, Marianela Estefania; Allegrini, Marco; Basualdo, J.; Villamil, M. B.; Zabaloy, Maria Celina; Primer design to assess bacterial degradation of glyphosate and other phosphonates; Elsevier Science; Journal of Microbiological Methods; 169; 2-2020; 1-8
dc.identifier.issn
0167-7012
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/184038
dc.description.abstract
Phosphonates are organic phosphorous (P) compounds frequently detected in the environment due to a very stable C[sbnd]P bond that render them relatively recalcitrant. Glyphosate [N-phosphonomethyl glycine] is the most widely used and best-known synthetic phosphonate, and one of the most concerning herbicides in the world today. Microbial degradation of glyphosate and organophosphonates in general, is the main dissipation mechanism operating in most environments. One microbial metabolic pathway in this process is the C[sbnd]P lyase pathway, entailing an enzymatic complex encoded by about 14 genes (the Phn operon). Our goal was to develop a quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assay for a key enzyme, the C[sbnd]P lyase that breaks down the C[sbnd]P bond, via quantification of the codifying phnJ gene. The primers designed in this study fulfill the requirements for a successful qPCR assay, with high efficiency and sensitivity, as well as specific detection of the target sequence in a wide range of taxonomic groups. This is, to our knowledge, the first report of primers designed to target phnJ in both pure cultures and metagenomic DNA from different environmental sources. Direct quantification of phnJ may be a cost-effective proxy to determine glyphosate degradation potential in different matrixes.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Elsevier Science
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
C-P LYASE
dc.subject
DEGENERATE PRIMERS
dc.subject
GLYPHOSATE
dc.subject
PHNJ
dc.subject
QUANTITATIVE PCR ASSAY
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Primer design to assess bacterial degradation of glyphosate and other phosphonates
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-09-06T21:16:16Z
dc.journal.volume
169
dc.journal.pagination
1-8
dc.journal.pais
Países Bajos
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dc.journal.ciudad
Amsterdam
dc.description.fil
Fil: Morales, Marianela Estefania. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Allegrini, Marco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Basualdo, J.. Universidad Nacional del Sur; Argentina
dc.description.fil
Fil: Villamil, M. B.. University of Illinois; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Zabaloy, Maria Celina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
dc.journal.title
Journal of Microbiological Methods
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S016770121931111X
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.mimet.2019.105814
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