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dc.contributor.author
Gomez, Gabriela Elena
dc.contributor.author
Monti, José Luis Eugenio
dc.contributor.author
Mundo, Mariana Rocío
dc.contributor.author
Delfino, Jose Maria
dc.date.available
2017-06-16T19:31:44Z
dc.date.issued
2015-09
dc.identifier.citation
Gomez, Gabriela Elena; Monti, José Luis Eugenio; Mundo, Mariana Rocío; Delfino, Jose Maria; Solvent mimicry with methylene carbene to probe protein topography; American Chemical Society; Analytical Chemistry; 87; 19; 9-2015; 10080-10087
dc.identifier.issn
0003-2700
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/18342
dc.description.abstract
The solvent accessible surface area (SASA) of the polypeptide chain plays a key role in protein folding, conformational change, and interaction. This fundamental biophysical parameter is elusive in experimental measurement. Our approach to this problem relies on the reaction of the minimal photochemical reagent diazirine (DZN) with polypeptides. This reagent (i) exerts solvent mimicry because its size is comparable to water and (ii) shows scant chemical selectivity because it generates extremely reactive methylene carbene. Methylation gives rise to the EM (extent of modification) signal, which is useful for scrutinizing the conformational change triggered by Ca2+ binding to calmodulin (CaM). The increased EM observed for the full protein is dominated by the enhanced exposure of hydrophobic area in Ca2+-CaM. Fragmentation allowed us to quantify the methylene incorporation at specific sites. Peptide 91–106 reveals a major reorganization around the calcium 151 binding site, resulting in local ordering and a greater exposure of the hydrophobic surface. Additionally, this technique shows a high sensitivity to probe recognition between CaM and melittin (Mel). The large decrease in EM indicates the occlusion of a significant hydrophobic area upon complexation. Protection from labeling reveals a larger involvement of the N-terminal and central regions of CaM in this interaction. Despite its smaller size, Mel’s differential exposure can also be quantified. Moreover, MS/MS fragmentation realizes the goal of extending the resolution of labeled sites at the amino acid level. Overall, DZN labeling emerges as a useful footprinting method capable of shedding light on physiological conformational changes and interactions.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
American Chemical Society
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Protein Conformation
dc.subject
Solvent Accessible Surface Area
dc.subject
Footprinting Technique
dc.subject.classification
Biofísica
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Solvent mimicry with methylene carbene to probe protein topography
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-06-15T17:36:22Z
dc.journal.volume
87
dc.journal.number
19
dc.journal.pagination
10080-10087
dc.journal.pais
Estados Unidos
dc.journal.ciudad
Washington D. C.
dc.description.fil
Fil: Gomez, Gabriela Elena. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Monti, José Luis Eugenio. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Mundo, Mariana Rocío. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Delfino, Jose Maria. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; Argentina
dc.journal.title
Analytical Chemistry
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.5b02724
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.5b02724


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