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dc.contributor.author
Hansen, Andreas M.
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dc.contributor.author
Rasmussen, Michael
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dc.contributor.author
Svitek,Nicholas
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dc.contributor.author
Harndahl, Mikkel
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dc.contributor.author
Golde, William T.
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dc.contributor.author
Barlow, John
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dc.contributor.author
Vishvanath, Nene
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dc.contributor.author
Buus, Søren
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dc.contributor.author
Nielsen, Morten
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dc.date.available
2017-06-09T20:34:33Z
dc.date.issued
2014-12
dc.identifier.citation
Hansen, Andreas M.; Rasmussen, Michael; Svitek,Nicholas; Harndahl, Mikkel; Golde, William T.; et al.; Characterization of binding specificities of bovine leucocyte class I molecules: impacts for rational epitope discovery; Springer Heidelberg; Immunogenetics; 66; 12; 12-2014; 705-718
dc.identifier.issn
0093-7711
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/17938
dc.description.abstract
The binding of peptides to classical major histocompatibility complex (MHC) class I proteins is the single most selective step in antigen presentation. However, the peptide-binding specificity of cattle MHC (bovine leucocyte antigen, BoLA) class I (BoLA-I) molecules remains poorly characterized. Here, we demonstrate how a combination of high-throughput assays using positional scanning combinatorial peptide libraries, peptide dissociation, and peptide-binding affinity binding measurements can be combined with bioinformatics to effectively characterize the functionality of BoLA-I molecules. Using this strategy, we characterized eight BoLA-I molecules, and found the peptide specificity to resemble that of human MHC-I molecules with primary anchors most often at P2 and P9, and occasional auxiliary P1/P3/P5/P6 anchors. We analyzed nine reported CTL epitopes from Theileria parva, and in eight cases, stable and high affinity binding was confirmed. A set of peptides were tested for binding affinity to the eight BoLA proteins and used to refine the predictors of peptide–MHC binding NetMHC and NetMHCpan. The inclusion of BoLA-specific peptide-binding data led to a significant improvement in prediction accuracy for reported T. parva CTL epitopes. For reported CTL epitopes with weak or no predicted binding, these refined prediction methods suggested presence of nested minimal epitopes with high-predicted binding affinity. The enhanced affinity of the alternative peptides was in all cases confirmed experimentally. This study demonstrates how biochemical high-throughput assays combined with immunoinformatics can be used to characterize the peptide-binding motifs of BoLA-I molecules, boosting performance of MHC peptide-binding prediction methods, and empowering rational epitope discovery in cattle.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Springer Heidelberg
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Bovine Leucocyte Antigen
dc.subject
Ctl Epitopes
dc.subject
Bola
dc.subject
Rational Epitope Discovery
dc.subject
Immunoinformatics
dc.subject.classification
Otras Ciencias Veterinarias
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dc.subject.classification
Ciencias Veterinarias
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dc.subject.classification
CIENCIAS AGRÍCOLAS
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dc.title
Characterization of binding specificities of bovine leucocyte class I molecules: impacts for rational epitope discovery
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-06-09T15:01:08Z
dc.identifier.eissn
1432-1211
dc.journal.volume
66
dc.journal.number
12
dc.journal.pagination
705-718
dc.journal.pais
Alemania
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dc.journal.ciudad
Berlín
dc.description.fil
Fil: Hansen, Andreas M.. Universidad de Copenhagen; Dinamarca
dc.description.fil
Fil: Rasmussen, Michael. Universidad de Copenhagen; Dinamarca
dc.description.fil
Fil: Svitek,Nicholas. International Livestock Research Institute; Kenia
dc.description.fil
Fil: Harndahl, Mikkel. Universidad de Copenhagen; Dinamarca
dc.description.fil
Fil: Golde, William T.. United States Department of Agriculture. Agriculture Research Service.; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Barlow, John. University of Vermont; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Vishvanath, Nene. International Livestock Research Institute; Kenia
dc.description.fil
Fil: Buus, Søren. Universidad de Copenhagen; Dinamarca
dc.description.fil
Fil: Nielsen, Morten. Technical University Of Denmark; Dinamarca. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
dc.journal.title
Immunogenetics
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00251-014-0802-5
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1007/s00251-014-0802-5
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