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Artículo

Whole genome sequencing of respiratory syncytial (RSV) virus from clinical samples with low viral load

Goya, StephanieIcon ; Rojo, Gabriel LihueIcon ; Nabaes Jodar, Mercedes SoledadIcon ; Valinotto, Laura ElenaIcon ; Mistchenko, Alicia Susana; Viegas, MarianaIcon
Fecha de publicación: 06/2018
Editorial: Life Sciences Protocol Repository
Revista: protocols.io
e-ISSN: 2473-1838
Idioma: Inglés
Tipo de recurso: Artículo publicado
Clasificación temática:
Virología; Tecnologías que involucran la manipulación de células, tejidos, órganos o todo el organismo

Resumen

Here is a description of a protocol for whole genome sequencing of RSV from clinical samples (nasopharyngeal aspirates -NPA-). The protocol was tested with samples with viral loads as low as 10+03 viral copies/ml NPA. The RNA is amplified by RT-PCR in five overlapped fragments of around 2300-4500 nt in length by using specific primers which anneal in conserved regions of the genome. Briefly the protocol includes: viral RNA extraction from NPA done with silica membrane columns and fragment amplification performed in five independent reaction tubes with OneStep RT-PCR Kit (Qiagen). Each fragment size check performed in an agarose gel electrophoresis, clean-up step done with silica membrane columns and the quantification step performed by Qubit. Finally, amplicons pooled equimolarly and library prep done with Nextera XT Kit.
Palabras clave: WHOLE GENOME SEQUENCING , METAGENOMICS , NGS , HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS , SISPA , HUMAN METAPNEUMOVIRUS , HUMAN PARAINFLUENZA VIRUS , HUMAN RHINOVIRUS , VIRAL GENOME SEQUENCING
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info:eu-repo/semantics/openAccess Excepto donde se diga explícitamente, este item se publica bajo la siguiente descripción: Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 2.5 Unported (CC BY-NC-SA 2.5)
Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/176709
URL: https://www.protocols.io/view/whole-genome-sequencing-of-respiratory-syncytial-r
DOI: http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.qsedwbe
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Citación
Goya, Stephanie; Rojo, Gabriel Lihue; Nabaes Jodar, Mercedes Soledad; Valinotto, Laura Elena; Mistchenko, Alicia Susana; et al.; Whole genome sequencing of respiratory syncytial (RSV) virus from clinical samples with low viral load; Life Sciences Protocol Repository; protocols.io; 2018; 6-2018; 1-2
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