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dc.contributor.author
la Greca, Alejandro Damián
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dc.contributor.author
Bellora, Nicolás
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dc.contributor.author
Le Dily, Francois
dc.contributor.author
Jara, Rodrigo Agustin
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dc.contributor.author
Quilez Oliete, Javier
dc.contributor.author
Villanueva, José Luis
dc.contributor.author
Vidal, Enrique
dc.contributor.author
Merino, Gabriela Alejandra
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dc.contributor.author
Fresno Rodríguez, Cristóbal
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dc.contributor.author
Tarifa Reischle, Inti Carlos
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dc.contributor.author
Vallejo, Griselda
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dc.contributor.author
Vicent, Guillermo P.
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dc.contributor.author
Fernandez, Elmer Andres
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dc.contributor.author
Beato, Miguel
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dc.contributor.author
Saragueta, Patricia Esther
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dc.date.available
2022-10-25T11:27:27Z
dc.date.issued
2020-12
dc.identifier.citation
la Greca, Alejandro Damián; Bellora, Nicolás; Le Dily, Francois; Jara, Rodrigo Agustin; Quilez Oliete, Javier; et al.; Higher-order chromatin organization defines Progesterone Receptor and PAX2 binding to regulate estradiol-primed endometrial cancer gene expression; Cold Spring Harbor Labs Press; bioRxiv; 12-2020; 1-31
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/174714
dc.description.abstract
Estrogen (E2) and Progesterone (Pg), via their specific receptors (ER and PR respectively), are major determinants in the development and progression of endometrial malignancies. Here, we have studied how E2 and the synthetic progestin R5020 affect genomic functions in Ishikawa endometrial cancer cells. Using ChIPseq in cells exposed to the corresponding hormones, we identified cell specific binding sites for ER (ERbs) and PR (PRbs), which mostly correspond to independent sites but both adjacent to sites bound by PAX2. Analysis of long-range interactions by Hi-C showed enrichment of regions co-bound by PR and PAX2 inside TADs that contain differentially progestin-regulated genes. These regions, which we call “progestin control regions” (PgCRs), exhibit an open chromatin state prior to the exposure to the hormone. Our observations suggest that endometrial response to progestins in differentiated endometrial tumor cells results in part from binding of PR together with partner transcription factors to PgCRs, compartmentalizing hormone-independent open chromatin.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Cold Spring Harbor Labs Press
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.subject
Computational genomics
dc.subject
Steroid receptors
dc.subject
Gene regulation
dc.subject
Endometrial cancer
dc.subject
ChIP-seq
dc.subject
Hi-C
dc.subject
ATAC-seq
dc.subject
Progesterone receptor
dc.subject
Estrogen receptor
dc.subject
PAX2
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Higher-order chromatin organization defines Progesterone Receptor and PAX2 binding to regulate estradiol-primed endometrial cancer gene expression
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2022-10-11T19:34:50Z
dc.identifier.eissn
2692-8205
dc.journal.pagination
1-31
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.journal.ciudad
Nueva York
dc.description.fil
Fil: la Greca, Alejandro Damián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
dc.description.fil
Fil: Bellora, Nicolás. Comision Nacional de Energia Atomica. Gerencia de Area de Aplicaciones de la Tecnologia Nuclear. Instituto de Tecnologias Nucleares Para la Salud.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente. Universidad Nacional del Comahue. Centro Regional Universidad Bariloche. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente; Argentina
dc.description.fil
Fil: Le Dily, Francois. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
dc.description.fil
Fil: Jara, Rodrigo Agustin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
dc.description.fil
Fil: Quilez Oliete, Javier. Centro de Regulación Genómica; España
dc.description.fil
Fil: Villanueva, José Luis. Centro de Regulación Genómica; España
dc.description.fil
Fil: Vidal, Enrique. Centro de Regulación Genómica; España
dc.description.fil
Fil: Merino, Gabriela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fresno Rodríguez, Cristóbal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina
dc.description.fil
Fil: Tarifa Reischle, Inti Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
dc.description.fil
Fil: Vallejo, Griselda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
dc.description.fil
Fil: Vicent, Guillermo P.. Centro de Regulación Genómica; España
dc.description.fil
Fil: Fernandez, Elmer Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina
dc.description.fil
Fil: Beato, Miguel. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
dc.description.fil
Fil: Saragueta, Patricia Esther. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
dc.journal.title
bioRxiv
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.biorxiv.org/content/10.1101/739466v2
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1101/739466
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