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dc.contributor.author
Paladin, Lisanna
dc.contributor.author
Bevilacqua, Martina
dc.contributor.author
Errigo, Sara
dc.contributor.author
Piovesan, Damiano
dc.contributor.author
Mičetić, Ivan
dc.contributor.author
Necci, Marco
dc.contributor.author
Monzon, Alexander Miguel
dc.contributor.author
Fabre, Maria Laura
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López, José Luis
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Nilsson, Juliet Fernanda
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Ríos, Javier Sebastián
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Lorenzano Menna, Pablo
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Cabrera, Maia Diana Eliana
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González Buitrón, Martín
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Gonçalves Kulik, Mariane
dc.contributor.author
Fernández Alberti, Sebastián
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Fornasari, Maria Silvina
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Parisi, Gustavo Daniel
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Lagares, Antonio
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dc.contributor.author
Hirsh, Layla
dc.contributor.author
Andrade Navarro, Miguel A.
dc.contributor.author
Kajava, Andrey V
dc.contributor.author
Tosatto, Silvio C E
dc.date.available
2022-10-11T14:33:24Z
dc.date.issued
2021-01
dc.identifier.citation
Paladin, Lisanna; Bevilacqua, Martina; Errigo, Sara; Piovesan, Damiano; Mičetić, Ivan; et al.; RepeatsDB in 2021: Improved data and extended classification for protein tandem repeat structures; Oxford University Press; Nucleic Acids Research; 49; D1; 1-2021; 452-457
dc.identifier.issn
0305-1048
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/172497
dc.description.abstract
The RepeatsDB database (URL: https://repeatsdb.org/) provides annotations and classification for protein tandem repeat structures from the Protein Data Bank (PDB). Protein tandem repeats are ubiquitous in all branches of the tree of life. The accumulation of solved repeat structures provides new possibilities for classification and detection, but also increasing the need for annotation. Here we present RepeatsDB 3.0, which addresses these challenges and presents an extended classification scheme. The major conceptual change compared to the previous version is the hierarchical classification combining top levels based solely on structural similarity (Class > Topology > Fold) with two new levels (Clan > Family) requiring sequence similarity and describing repeat motifs in collaboration with Pfam. Data growth has been addressed with improved mechanisms for browsing the classification hierarchy. A new UniProt-centric view unifies the increasingly frequent annotation of structures from identical or similar sequences. This update of RepeatsDB aligns with our commitment to develop a resource that extracts, organizes and distributes specialized information on tandem repeat protein structures.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
REPETITIVAS
dc.subject
DISORDER
dc.subject
EVOLUCION
dc.subject
Database
dc.subject.classification
Otras Ciencias Naturales y Exactas
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dc.subject.classification
Otras Ciencias Naturales y Exactas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
RepeatsDB in 2021: Improved data and extended classification for protein tandem repeat structures
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2022-10-03T17:53:45Z
dc.identifier.eissn
1362-4962
dc.journal.volume
49
dc.journal.number
D1
dc.journal.pagination
452-457
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Paladin, Lisanna. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Bevilacqua, Martina. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Errigo, Sara. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Piovesan, Damiano. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Mičetić, Ivan. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Necci, Marco. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Monzon, Alexander Miguel. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Fabre, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Ciencias Biológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: López, José Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Ciencias Biológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Nilsson, Juliet Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Ciencias Biológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ríos, Javier Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lorenzano Menna, Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cabrera, Maia Diana Eliana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: González Buitrón, Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gonçalves Kulik, Mariane. Johannes Gutenberg Universitat Mainz; Alemania
dc.description.fil
Fil: Fernández Alberti, Sebastián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fornasari, Maria Silvina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Parisi, Gustavo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lagares, Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales. Departamento de Ciencias Biológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Hirsh, Layla. Pontificia Universidad Católica de Perú; Perú
dc.description.fil
Fil: Andrade Navarro, Miguel A.. Johannes Gutenberg Universitat Mainz; Alemania
dc.description.fil
Fil: Kajava, Andrey V. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
dc.description.fil
Fil: Tosatto, Silvio C E. Università di Padova; Italia
dc.journal.title
Nucleic Acids Research
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa1097/6006192
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1097
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