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dc.contributor.author
Malone, Walter
dc.contributor.author
Nebgen, Benjamin
dc.contributor.author
White, Alexander
dc.contributor.author
Zhang, Yu
dc.contributor.author
Song, Huajing
dc.contributor.author
Bjorgaard, Josiah A.
dc.contributor.author
Sifain, Andrew E.
dc.contributor.author
Rodríguez Hernández, Beatriz
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dc.contributor.author
Freixas Lemus, Victor Manuel
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dc.contributor.author
Fernández Alberti, Sebastián
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dc.contributor.author
Roitberg, Adrián
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dc.contributor.author
Nelson, Tammie R.
dc.contributor.author
Tretiak, Sergei
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dc.date.available
2022-09-20T11:17:42Z
dc.date.issued
2020-07
dc.identifier.citation
Malone, Walter; Nebgen, Benjamin; White, Alexander; Zhang, Yu; Song, Huajing; et al.; NEXMD Software Package for Nonadiabatic Excited State Molecular Dynamics Simulations; American Chemical Society; Journal of Chemical Theory and Computation; 16; 9; 7-2020; 5771-5783
dc.identifier.issn
1549-9618
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/169448
dc.description.abstract
We present a versatile new code released for open community use, the nonadiabatic excited state molecular dynamics (NEXMD) package. This software aims to simulate nonadiabatic excited state molecular dynamics using several semiempirical Hamiltonian models. To model such dynamics of a molecular system, the NEXMD uses the fewest-switches surface hopping algorithm, where the probability of transition from one state to another depends on the strength of the derivative nonadiabatic coupling. In addition, there are a number of algorithmic improvements such as empirical decoherence corrections and tracking trivial crossings of electronic states. While the primary intent behind the NEXMD was to simulate nonadiabatic molecular dynamics, the code can also perform geometry optimizations, adiabatic excited state dynamics, and single-point calculations all in vacuum or in a simulated solvent. In this report, first, we lay out the basic theoretical framework underlying the code. Then we present the code's structure and workflow. To demonstrate the functionality of NEXMD in detail, we analyze the photoexcited dynamics of a polyphenylene ethynylene dendrimer (PPE, C30H18) in vacuum and in a continuum solvent. Furthermore, the PPE molecule example serves to highlight the utility of the getexcited.py helper script to form a streamlined workflow. This script, provided with the package, can both set up NEXMD calculations and analyze the results, including, but not limited to, collecting populations, generating an average optical spectrum, and restarting unfinished calculations.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
American Chemical Society
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Dinámica molecular no adiabática
dc.subject
Estados excitados
dc.subject.classification
Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica
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dc.subject.classification
Ciencias Químicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
NEXMD Software Package for Nonadiabatic Excited State Molecular Dynamics Simulations
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2022-09-19T15:09:02Z
dc.journal.volume
16
dc.journal.number
9
dc.journal.pagination
5771-5783
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.journal.ciudad
Washington
dc.description.fil
Fil: Malone, Walter. Los Alamos National High Magnetic Field Laboratory; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Nebgen, Benjamin. Los Alamos National High Magnetic Field Laboratory; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: White, Alexander. Los Alamos National High Magnetic Field Laboratory; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Zhang, Yu. Los Alamos National High Magnetic Field Laboratory; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Song, Huajing. Los Alamos National High Magnetic Field Laboratory; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Bjorgaard, Josiah A.. Los Alamos National High Magnetic Field Laboratory; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Sifain, Andrew E.. Aberdeen Proving Ground; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Rodríguez Hernández, Beatriz. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Freixas Lemus, Victor Manuel. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fernández Alberti, Sebastián. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Roitberg, Adrián. University of Florida. Departament of Chemistry; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Nelson, Tammie R.. Los Alamos National High Magnetic Field Laboratory; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Tretiak, Sergei. Los Alamos National High Magnetic Field Laboratory; Estados Unidos
dc.journal.title
Journal of Chemical Theory and Computation
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.0c00248
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.0c00248
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