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dc.contributor.author
Covacevich, Fernanda
dc.contributor.author
Silva, R. I.
dc.contributor.author
Cumino, Andrea Carina
dc.contributor.author
Caló, Gonzalo Federico
dc.contributor.author
Negri, R. M.
dc.contributor.author
Salerno, Graciela Lidia
dc.date.available
2017-05-16T20:22:22Z
dc.date.issued
2012-06
dc.identifier.citation
Covacevich, Fernanda; Silva, R. I.; Cumino, Andrea Carina; Caló, Gonzalo Federico; Negri, R. M.; et al.; First Archaeal rDNA sequences from coastal waters of Argentina: unexpected PCR characterization by using eukaryotic primers; Universidad Autónoma de Baja California. Instituto de Investigaciones Oceanológicas; Ciencias Marinas; 38; 2; 6-2012; 1-25
dc.identifier.issn
0185-3880
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/16558
dc.description.abstract
Muchos miembros de Archaea, un grupo de microroganismos descritos hace aproximadamente 30 años, colonizan ambientes extremos. Sin embargo, las investigaciones más recientes han demostrado que las arqueas también son abundantes componentes del plankton marino, siendo algunos grupos de Archaea componentes fundamentales de los ecosistemas marinos debido a su rol clave en los ciclos biogeoquímicos. Aunque la ubiquidad de las arqueas ha sido bien documentada, hasta el momento no hay registros de la presencia de representantes de este grupo en el mar Argentino. En un estudio de biodiversidad orientado a determinar secuencias de picoplancton utilizando cebadores universales para eucariotas, se encontraron secuencias de ADNr de Archaea en muestras recolectadas durante la primavera en una estación fija de monitorización (EPEA) en el mar Argentino. A partir de ADN ambiental y mediante el uso de la metodología de PCR, se obtuvieron dos fragmentos de aproximadamente 1700 y 1460 pb, que fueron separados y visualizados después de electroforesis en geles de agarosa y, luego, purificados, clonados y secuenciados. El análisis de BLAST mostró que las secuencias de tamaño superior correspondían a organismos eucariotas y las secuencias de menor tamaño pertenecían a Archaea. El análisis filogenético mostró que las secuencias de Archaea se agrupan con Euryarchaeota marina grupo II, caracterizado como un linaje metanógeno. Éste es el primer reporte de la presencia de secuencias de Euryarchaeota grupo II en aguas del mar Argentino. El hecho de que las secuencias de Archaea hayan sido amplificadas con cebadores no específicos para este grupo podría sugerir una inesperada abundancia de estos organismos durante los inicios de primavera en el mar Argentino.
dc.description.abstract
Many members of Archaea, a group of prokaryotes recognized three decades ago, colonize extreme environments; however, new research has shown that Archaeans are also abundant components of plankton in the open sea, where they play a key role in the biogeochemical cycles. Although the widespread distribution of Archaea in the marine environment is well documented there are no reports on the detection of Archaea in the Southwest Atlantic Ocean. During the search for picophytoplankton sequences using eukaryotic universal primers, we retrieved archaeal rDNA sequences from surface samples collected during the spring at a fixed monitoring station (EPEA) in the Argentine Sea. From environmental DNA and using PCR methodology, two DNA fragments of about 1700 and 1450 bp were visualized after electrophoresis in agarose gels, and separately purified, cloned, and sequenced. BLAST analysis showed that sequences of the highest size corresponded to eukaryotic organisms and, unexpectedly, those of about 1460 bp corresponded to archaeal organisms. Phylogenetic analysis showed that archaeal sequences belong to Euryarchaeota of marine group II, characterized as a methanogenic lineage. This is the first report on the presence of group II Euryarchaeota sequences in environmental water samples of the Argentine Sea. The fact that Archaea sequences were amplified with primers non-specific for this group may suggest an unexpected abundance of these organisms in the early spring in the Argentine Sea.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Universidad Autónoma de Baja California. Instituto de Investigaciones Oceanológicas
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Argentine Sea
dc.subject
Environmental Rdna
dc.subject
Pcr Methodology
dc.subject
Primer Design
dc.subject.classification
Biología Marina, Limnología
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
First Archaeal rDNA sequences from coastal waters of Argentina: unexpected PCR characterization by using eukaryotic primers
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-05-08T21:18:19Z
dc.journal.volume
38
dc.journal.number
2
dc.journal.pagination
1-25
dc.journal.pais
México
dc.journal.ciudad
Ciudad de México
dc.description.fil
Fil: Covacevich, Fernanda. Fundación para Investigaciones Biológicas Aplicadas. Centro de Estudios de Biodiversidad y Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Silva, R. I.. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cumino, Andrea Carina. Fundación para Investigaciones Biológicas Aplicadas. Centro de Estudios de Biodiversidad y Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Caló, Gonzalo Federico. Fundación para Investigaciones Biológicas Aplicadas. Centro de Estudios de Biodiversidad y Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Negri, R. M.. Instituto Nacional de Investigaciones y Desarrollo Pesquero; Argentina
dc.description.fil
Fil: Salerno, Graciela Lidia. Fundación para Investigaciones Biológicas Aplicadas. Centro de Estudios de Biodiversidad y Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.journal.title
Ciencias Marinas
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://ref.scielo.org/ppvdpm
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