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Lazar, Tamas
dc.contributor.author
Martinez Perez, Elizabeth
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dc.contributor.author
Quaglia, Federica
dc.contributor.author
Hatos, András
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Chemes, Lucia Beatriz
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Iserte, Javier Alonso
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Méndez, Nicolás Agustín
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Garrone, Nicolás Agustín
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Saldaño, Tadeo Enrique
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Marchetti, Julia
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Velez Rueda, Ana Julia
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dc.contributor.author
Bernadó, Pau
dc.contributor.author
Blackledge, Martin
dc.contributor.author
Cordeiro, Tiago N.
dc.contributor.author
Fagerberg, Eric
dc.contributor.author
Forman Kay, Julie D
dc.contributor.author
Fornasari, Maria Silvina
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Gibson, Toby James
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dc.contributor.author
Gomes, Gregory Neal W
dc.contributor.author
Gradinaru, Claudiu C.
dc.contributor.author
Head Gordon, Teresa
dc.contributor.author
Jensen, Malene Ringkjøbing
dc.contributor.author
Lemke, Edward A
dc.contributor.author
Longhi, Sonia
dc.contributor.author
Marino Buslje, Cristina
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Minervini, Giovanni
dc.contributor.author
Mittag, Tanja
dc.contributor.author
Monzon, Alexander Miguel
dc.contributor.author
Pappu, Rohit V.
dc.contributor.author
Parisi, Gustavo Daniel
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dc.date.available
2022-08-10T13:44:28Z
dc.date.issued
2021-01-08
dc.identifier.citation
Lazar, Tamas; Martinez Perez, Elizabeth; Quaglia, Federica; Hatos, András; Chemes, Lucia Beatriz; et al.; PED in 2021: A major update of the protein ensemble database for intrinsically disordered proteins; Oxford University Press; Nucleic Acids Research; 49; D1; 8-1-2021; D404-D411
dc.identifier.issn
1362-4962
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/164928
dc.description.abstract
The Protein Ensemble Database (PED) (https://proteinensemble.org), which holds structural ensembles of intrinsically disordered proteins (IDPs), has been significantly updated and upgraded since its last release in 2016. The new version, PED 4.0, has been completely redesigned and reimplemented with cutting-edge technology and now holds about six times more data (162 versus 24 entries and 242 versus 60 structural ensembles) and a broader representation of state of the art ensemble generation methods than the previous version. The database has a completely renewed graphical interface with an interactive feature viewer for region-based annotations, and provides a series of descriptors of the qualitative and quantitative properties of the ensembles. High quality of the data is guaranteed by a new submission process, which combines both automatic and manual evaluation steps. A team of biocurators integrate structured metadata describing the ensemble generation methodology, experimental constraints and conditions. A new search engine allows the user to build advanced queries and search all entry fields including cross-references to IDP-related resources such as DisProt, MobiDB, BMRB and SASBDB. We expect that the renewed PED will be useful for researchers interested in the atomic-level understanding of IDP function, and promote the rational, structure-based design of IDP-targeting drugs.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.5/ar/
dc.subject
ENSEMBLE
dc.subject
DISORDER
dc.subject
PROTEINS
dc.subject
IDP
dc.subject.classification
Otras Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
PED in 2021: A major update of the protein ensemble database for intrinsically disordered proteins
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2022-08-04T15:30:46Z
dc.identifier.eissn
0305-1048
dc.journal.volume
49
dc.journal.number
D1
dc.journal.pagination
D404-D411
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Lazar, Tamas. Vrije Unviversiteit Brussel; Bélgica
dc.description.fil
Fil: Martinez Perez, Elizabeth. European Molecular Biology Laboratory; Alemania. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Quaglia, Federica. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Hatos, András. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Chemes, Lucia Beatriz. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Iserte, Javier Alonso. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Méndez, Nicolás Agustín. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Garrone, Nicolás Agustín. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Saldaño, Tadeo Enrique. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Marchetti, Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Velez Rueda, Ana Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Bernadó, Pau. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
dc.description.fil
Fil: Blackledge, Martin. Universite Grenoble Alpes; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
dc.description.fil
Fil: Cordeiro, Tiago N.. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Universidade Nova de Lisboa; Portugal
dc.description.fil
Fil: Fagerberg, Eric. Lund University; Suecia
dc.description.fil
Fil: Forman Kay, Julie D. University Of Toronto. Hospital For Sick Children; Canadá. University of Toronto; Canadá
dc.description.fil
Fil: Fornasari, Maria Silvina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gibson, Toby James. European Molecular Biology Laboratory; Alemania
dc.description.fil
Fil: Gomes, Gregory Neal W. University of Toronto; Canadá
dc.description.fil
Fil: Gradinaru, Claudiu C.. University of Toronto; Canadá
dc.description.fil
Fil: Head Gordon, Teresa. University of California; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Jensen, Malene Ringkjøbing. Universite Grenoble Alpes; Francia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
dc.description.fil
Fil: Lemke, Edward A. Johannes Gutenberg Universitat Mainz; Alemania
dc.description.fil
Fil: Longhi, Sonia. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
dc.description.fil
Fil: Marino Buslje, Cristina. Fundación Instituto Leloir; Argentina
dc.description.fil
Fil: Minervini, Giovanni. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Mittag, Tanja. St. Jude Children's Research Hospital; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Monzon, Alexander Miguel. Università di Padova; Italia
dc.description.fil
Fil: Pappu, Rohit V.. Washington University in St. Louis; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Parisi, Gustavo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnologia. Laboratorio de Quimica y Biologia Computacional.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.journal.title
Nucleic Acids Research
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/nar/article/49/D1/D404/6030232
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa1021
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