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Artículo

Predicting the effect of disordered linkers on effective concentrations and avidity with the “Ceff calculator” app

Kjaergaard, Magnus; Glavina, JulianaIcon ; Chemes, Lucia BeatrizIcon
Fecha de publicación: 01/2021
Editorial: Elsevier Academic Press Inc.
Revista: Methods In Enzymology
ISSN: 0076-6879
Idioma: Inglés
Tipo de recurso: Artículo publicado
Clasificación temática:
Métodos de Investigación en Bioquímica

Resumen

Linkers are crucial to the functions of multidomain proteins as they couple functional units to encode regulation such as auto-inhibition, enzyme targeting or tuning of interaction strength. A linker changes reactions from bimolecular to unimolecular, and the equilibrium and kinetics is thus determined by the properties of the linker rather than concentrations. We present a theoretical workflow for estimating the functional consequences of tethering by a linker. We discuss how to: (1) Identify flexible linkers from sequence. (2) Model the end-to-end distance distribution for a flexible linker using a worm-like chain. (3) Estimate the effective concentration of a ligand tethered by a flexible linker. (4) Calculate the decrease in binding affinity caused by auto-inhibition. (5) Calculate the expected avidity enhancement of a bivalent interaction from effective concentration. The worm-like chain modeling is available through a web application called the “Ceff calculator” (http://ceffapp.chemeslab.org), which will allow user-friendly prediction of experimentally inaccessible parameters.
Palabras clave: AFFINITY ENHANCEMENT , AUTOINHIBITION , AVIDITY , CEFF CALCULATOR , DISORDERED LINKER , EFFECTIVE CONCENTRATION , WORM-LIKE CHAIN
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info:eu-repo/semantics/restrictedAccess Excepto donde se diga explícitamente, este item se publica bajo la siguiente descripción: Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 2.5 Unported (CC BY-NC-SA 2.5)
Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/160846
DOI: http://dx.doi.org/10.1016/bs.mie.2020.09.012
URL: https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0076687920303451
Colecciones
Articulos (IIBIO)
Articulos de INSTITUTO DE INVESTIGACIONES BIOTECNOLOGICAS
Citación
Kjaergaard, Magnus; Glavina, Juliana; Chemes, Lucia Beatriz; Predicting the effect of disordered linkers on effective concentrations and avidity with the “Ceff calculator” app; Elsevier Academic Press Inc.; Methods In Enzymology; 647; 1-2021; 145-171
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