Caracterización genética de los primeros aislamientos argentinos de Escherichia coli portadores del subtipo 2f de toxina Shiga

Abstract

Entre las cepas de Escherichia coli productoras de toxina Shiga (STEC), las que son portadoras del subtipo 2f han sido aisladas de aves, principalmente palomas, y de casos de enfermedad en humanos (generalmente diarrea moderada y en ocasiones síndrome urémico hemolítico). En algunas regiones, como los Países Bajos, la frecuencia en humanos parece ser mayor que en otras, pero esto puede relacionarse con la capacidad de identificar este subtipo de toxina, ya que no todas las metodologías que se aplican para STEC pueden detectarlo. Mientras que en Argentina este subtipo aún no ha sido detectado en aislamientos obtenidos de pacientes, nuestro grupo reportó su presencia en muestras provenientes de palomas. El objetivo de este trabajo fue aislar cepas positivas para stx2f a partir de dichas muestras, y realizar una caracterización genética y análisis comparativo con cepas de otros países. Se analizaron colonias individuales por PCR con primers específicos para stx2f. Se cultivaron las colonias positivas y se extrajo el ADN bacteriano con un kit comercial (Microbial DNA isolation kit, MoBio). Se empleó 1 ng para la preparación de la biblioteca y secuenciación empleando una plataforma Illumina MiSeq. Se obtuvieron lecturas pareadas de 250 pb con una cobertura mínima de 60 veces. El ensamble de novo de los contigs se realizó utilizando el software CLC Genomics Workbench (Qiagen). Mediante análisis del gen rpoB se determinó la especie bacteriana. Las secuencias genómicas se anotaron mediante RAST y se analizaron empleando diferentes herramientas bioinformáticas como BLAST, VirulenceFinder, PlasmidFinder, ResFinder, entre otras. Se obtuvieron dos aislamientos stx2f-positivos denominados P13 y T47, correspondientes a una muestra de materia fecal de paloma y a una muestra de hisopado de paloma con diarrea de un palomar, respectivamente. El análisis in silico confirmó que ambas cepas eran Escherichia coli portadoras del subtipo stx2f y pertenecientes al serotipo O75:H2. Se identificó también en ambas cepas la presencia de otros genes asociados a virulencia (astA, eae, tir, espA, espB, espF, nleA, nleB, nleC, cdt), del gen mdf(A) asociado a resistencia a antibióticos (macrólidos lincosamidas y estreptograminas del grupo B), y de un plásmido similar al pO111. En la cepa P13 se identificó, además, la presencia del gen bfpA en un aparente entorno plasmídico (plásmido IncFIB). El alelo de bfpA identificado correspondió a un subtipo recientemente descripto. El análisis comparativo reveló que estos aislamientos presentan un perfil genético de virulencia y de resistencia a antibióticos semejante a una cepa stx2f positiva del mismo serotipo, aislada de paloma en Italia en 1997. Nuestros resultados indican la presencia en Argentina de cepas STEC stx2f-positivas con numerosos factores de virulencia y alta similitud con la cepa aislada en Italia. Asimismo, dado que el gen bfpA es característico de cepas E. coli enteropatógenas típicas, al igual que la cepa italiana, P13 sería un híbrido STEC/EPECt.