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dc.contributor.author
Bulavka, Denys
dc.contributor.author
Aptekmann, Ariel
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dc.contributor.author
Méndez, Nicolás Agustín
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dc.contributor.author
Krick, Teresa Elena Genoveva
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dc.contributor.author
Sánchez Miguel, Ignacio Enrique
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dc.date.available
2022-06-08T17:36:30Z
dc.date.issued
2021-05-03
dc.identifier.citation
Bulavka, Denys; Aptekmann, Ariel; Méndez, Nicolás Agustín; Krick, Teresa Elena Genoveva; Sánchez Miguel, Ignacio Enrique; Thousands of protein linear motif classes may still be undiscovered; Public Library of Science; Plos One; 3-5-2021; 1-20
dc.identifier.issn
1932-6203
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/159261
dc.description.abstract
Linear motifs are short protein subsequences that mediate protein interactions. Hundreds of motif classes including thousands of motif instances are known. Our theory estimates how many motif classes remain undiscovered. As commonly done, we describe motif classes asregular expressions specifying motif length and the allowed amino acids at each motif position.We measure motif specificity for a pair of motif classes by quantifying how many motifdiscriminatingpositions prevent a protein subsequence from matching the two classes atonce. We derive theorems for the maximal number of motif classes that can simultaneouslymaintain a certain number of motif-discriminating positions between all pairs of classes inthe motif universe, for a given amino acid alphabet. We also calculate the fraction of all proteinsubsequences that would belong to a motif class if all potential motif classes came intoexistence. Naturally occurring pairs of motif classes present most often a single motif-discriminatingposition. This mild specificity maximizes the potential number of coexisting motifclasses, the expansion of the motif universe due to amino acid modifications and the fractionof amino acid sequences that code for a motif instance. As a result, thousands of linearmotif classes may remain undiscovered.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Public Library of Science
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
MOTIVOS LINEALES
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.subject.classification
Matemática Aplicada
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dc.subject.classification
Matemáticas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Thousands of protein linear motif classes may still be undiscovered
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-12-03T20:43:38Z
dc.journal.pagination
1-20
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.journal.ciudad
San Francisco
dc.description.fil
Fil: Bulavka, Denys. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Matemática; Argentina
dc.description.fil
Fil: Aptekmann, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Rutgers University; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Méndez, Nicolás Agustín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Krick, Teresa Elena Genoveva. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Investigaciones Matemáticas "Luis A. Santaló". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Matemáticas "Luis A. Santaló"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Sánchez Miguel, Ignacio Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.journal.title
Plos One
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1371/journal.pone.0248841
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0248841
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