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dc.contributor.author
Fernandez Gauna, María Cecilia
dc.contributor.author
Villegas, M.
dc.contributor.author
Guidugli, S.
dc.contributor.author
Esteban, C.
dc.contributor.author
Paoletti, S.
dc.contributor.author
Pantano, S.
dc.contributor.author
Benegas, Julio Ciro
dc.date.available
2017-04-20T14:28:03Z
dc.date.issued
2010-02
dc.identifier.citation
Fernandez Gauna, María Cecilia; Villegas, M.; Guidugli, S.; Esteban, C.; Paoletti, S.; et al.; Estudio mediante dinámica molecular de la estructura tridimensional del κ–carragenano en diferentes solventes; Sociedad Mexicana de Fisica; Revista Mexicana de Física E; 56; 1; 2-2010; 61-68
dc.identifier.issn
0035-001X
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/15496
dc.description.abstract
El κ–carragenano es un polisacárido iónico extraído de algas marinas rojas constituido por unidades repetitivas copolimericas de α–(1–3) D–galactosa 4–sulfato y β–(1–4) 3,6–anhydro–D–galactosa. El conocimiento de las bases moleculares que determinan la conformación tridimensional de este polisacárido, es fundamental tanto para comprender las interacciones que llevan a la formación de geles como para regular sus propiedades industriales. Como sucede con tantos biopolímeros, si bien su estructura primaria es conocida, su estructura secundaria no está aún bien determinada, dependiendo la misma de las condiciones físico–químicas de la solución. En este trabajo proponemos estudiar el efecto de las moléculas de solvente sobre la conformación molecular. Para ello se ha realizado un estudio mediante dinámica molecular (MD) de un decámero de las unidades disacarídicas que forman el κ–carragenano, con el soluto sumergido en dos solventes moleculares explícitos de propiedades muy distintas: DMSO y agua. Las simulaciones fueron realizadas utilizando el paquete computacional GROMACS MD, utilizando en ambos cálculos átomos de Na+ como contraiones. Se han calculado las trayectorias de los ángulos diedros glicosídicos, los enlaces hidrógenos y las distancias interatómicas más relevantes a la conformación polimérica, mostrándose un buen acuerdo con los resultados experimentales disponibles, así como una coherencia global con cálculos previos de mecánica y dinámica molecular en agua o vacío.
dc.description.abstract
The κ–carrageenan is an ionic polysaccharide extracted from marine red algae constituted by the copolymeric repetitive units of α–(1–3) D–galactose 4 – sulfate and β–(1–4) 3,6–anhydro–D–galactose. The knowledge of the molecular bases that determine the three–dimensional conformation of this polysaccharide is fundamental to understand the interactions leading to gel formation, as well as the regulation of its industrial properties. As with other biopolymers, even though its primary structure is well–known, the secondary structure is still a matter of debate. This work present and discuss the results of Molecular Dynamics (MD) simulations of a decamer of the repeating disaccharide unit constituting the κ–carrageenan. The simulations were run using the GROMACS MD package, with the solute immersed in molecular solvent, either DMSO or water, and using Na+ atoms as counterions. The dynamics of the central glycosidic angles are presented, as well as the pattern of possible intramolecular and solvent mediated H–bonds and some characteristics interatomic distances. These results are in good agreement with the available experimental data, as well as those of previous molecular mechanics and dynamics.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
spa
dc.publisher
Sociedad Mexicana de Fisica
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.5/ar/
dc.subject
Κ–Carragenano
dc.subject
Dinámica Molecular
dc.subject
Efecto de Solvente
dc.subject.classification
Física Atómica, Molecular y Química
dc.subject.classification
Ciencias Físicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Estudio mediante dinámica molecular de la estructura tridimensional del κ–carragenano en diferentes solventes
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-04-18T14:26:43Z
dc.identifier.eissn
1870-3542
dc.journal.volume
56
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
61-68
dc.journal.pais
México
dc.description.fil
Fil: Fernandez Gauna, María Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis; Argentina. Universidad Nacional de Cuyo; Argentina
dc.description.fil
Fil: Villegas, M.. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Departamento de Física; Argentina
dc.description.fil
Fil: Guidugli, S.. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Departamento de Física; Argentina
dc.description.fil
Fil: Esteban, C.. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Departamento de Física; Argentina
dc.description.fil
Fil: Paoletti, S.. Universita Degli Studi Di Trieste; Italia
dc.description.fil
Fil: Pantano, S.. Instituto Pasteur de Montevideo; Uruguay
dc.description.fil
Fil: Benegas, Julio Ciro. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Departamento de Física; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis; Argentina
dc.journal.title
Revista Mexicana de Física E
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://rmf.smf.mx/page/rmf_anteriores?volume=56&issue=1
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://ref.scielo.org/kz6hnk
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.redalyc.org/pdf/570/57016003009.pdf


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