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dc.contributor.author
Echave, Julián
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dc.date.available
2022-04-06T17:25:42Z
dc.date.issued
2021-04-21
dc.identifier.citation
Echave, Julián; Fast computational mutation-response scanning of proteins; PeerJ; PeerJ Life & Environment; 9; 21-4-2021; 1-22
dc.identifier.issn
2167-8359
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/154513
dc.description.abstract
Studying the effect of perturbations on protein structure is a basic approach in protein research. Important problems, such as predicting pathological mutations and understanding patterns of structural evolution, have been addressed by computational simulations that model mutations using forces and predict the resulting deformations. In single mutation-response scanning simulations, a sensitivity matrix is obtained by averaging deformations over point mutations. In double mutation-response scanning simulations, a compensation matrix is obtained by minimizing deformations over pairs of mutations. These very useful simulation-based methods may be too slow to deal with large proteins, protein complexes, or large protein databases. To address this issue, I derived analytical closed formulas to calculate the sensitivity and compensation matrices directly, without simulations. Here, I present these derivations and show that the resulting analytical methods are much faster than their simulation counterparts.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
PeerJ
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
Protein
dc.subject
Mutational response
dc.subject
Model
dc.subject
Compensatory mutations
dc.subject.classification
Biofísica
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.subject.classification
Otros Tópicos Biológicos
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Fast computational mutation-response scanning of proteins
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2022-04-05T14:44:48Z
dc.journal.volume
9
dc.journal.pagination
1-22
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.description.fil
Fil: Echave, Julián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Ciencias Físicas. - Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Ciencias Físicas; Argentina
dc.journal.title
PeerJ Life & Environment
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://peerj.com/articles/11330
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.7717/peerj.11330
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