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dc.contributor.author
Torres Galvis, Ambrosio
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dc.contributor.author
Goloboff, Pablo Augusto
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dc.contributor.author
Catalano, Santiago Andres
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dc.date.available
2021-12-07T14:36:49Z
dc.date.issued
2022-02
dc.identifier.citation
Torres Galvis, Ambrosio; Goloboff, Pablo Augusto; Catalano, Santiago Andres; Parsimony analysis of phylogenomic datasets (I): Scripts and guidelines for using TNT (Tree Analysis using New Technology); Wiley Blackwell Publishing, Inc; Cladistics; 38; 1; 2-2022; 103-125
dc.identifier.issn
0748-3007
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/148386
dc.description.abstract
We discuss here the use of TNT (Tree Analysis using New Technology) for phylogenomic analysis. For such data, parsimony is a useful alternative to model-based analyses, which frequently utilize models that make unrealistic assumptions (e.g. low heterotachy), struggle with high levels of missing data, etc. Parsimony and model-based methods often yield trees with few topological differences, which can then be analyzed further in order to investigate whether these few topological differences are due to undesirable analysis artefacts. This is facilitated by the greater speed and computational efficiency of parsimony, which allow for a more in-depth analysis of datasets. We here briefly describe the computationally most efficient and versatile parsimony software, TNT, which can be used for phylogenetic and phylogenomic analyses. In particular, we describe and provide a series of scripts that are specifically designed for the analysis of phylogenomic datasets. This includes scripts for concatenation of gene data files in different formats, generation of plots and datasets with different levels of gene/taxon occupancy, calculation of different support measures and phylogenetic reconstruction based on concatenated matrices and single genes. The execution of the scripts is also demonstrated with video clips (https://www.youtube.com/channel/UCpIgK8sVH-yK0Bo3fK62IxA). Lastly, we describe the main commands and functions that enable efficient phylogenomic analyses in TNT.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley Blackwell Publishing, Inc
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Parsimony analysis
dc.subject
Pylogenomic datasets
dc.subject
Tree Analysis using New Technology
dc.subject.classification
Biología
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Parsimony analysis of phylogenomic datasets (I): Scripts and guidelines for using TNT (Tree Analysis using New Technology)
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-12-03T20:10:52Z
dc.journal.volume
38
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
103-125
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Torres Galvis, Ambrosio. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Zoología. Instituto de Entomología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; Argentina
dc.description.fil
Fil: Goloboff, Pablo Augusto. American Museum of Natural History; Estados Unidos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; Argentina
dc.description.fil
Fil: Catalano, Santiago Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; Argentina
dc.journal.title
Cladistics
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1111/cla.12477
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/cla.12477
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