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dc.contributor.author
Gismondi, Mauro
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dc.contributor.author
Daurelio, Lucas Damian
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dc.contributor.author
Maiorano, Claudia Ines
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dc.contributor.author
Monti, Laura Lucía
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dc.contributor.author
Lara, Maria Valeria
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dc.contributor.author
Drincovich, Maria Fabiana
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dc.contributor.author
Bustamante, Claudia Anabel
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dc.date.available
2021-11-24T15:15:10Z
dc.date.issued
2020-01
dc.identifier.citation
Gismondi, Mauro; Daurelio, Lucas Damian; Maiorano, Claudia Ines; Monti, Laura Lucía; Lara, Maria Valeria; et al.; Generation of fruit postharvest gene datasets and a novel motif analysis tool for functional studies: uncovering links between peach fruit heat treatment and cold storage responses; Springer; Planta; 251; 2; 1-2020; 1-18
dc.identifier.issn
0032-0935
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/147331
dc.description.abstract
Main Conclusion: A survey of developed fruit gene-specific datasets and the implementation of a novel cis-element analysis tool indicate specific transcription factors as novel regulatory actors under HT response and CI protection. Abstract: Heat treatment (HT) prior to cold storage (CS) has been successfully applied to ameliorate fruit chilling injury (CI) disorders. Molecular studies have identified several HT-driven benefits and putative CI-protective molecules and mechanisms. However, bioinformatic tools and analyses able to integrate fruit-specific information are necessary to begin functional studies and breeding projects. In this work, a HT-responsive gene dataset (HTds) and four fruit expression datasets (FEds), containing gene-specific information from several species and postharvest conditions, were developed and characterized. FEds provided information about HT-responsive genes, not only validating their sensitivity to HT in different systems but also revealing most of them as CS-responsive. A special focus was given to peach heat treatment-sensitive transcriptional regulation by the development of a novel Perl motif analysis software (cisAnalyzer) and a curated plant cis-elements dataset (PASPds). cisAnalyzer is able to assess sequence motifs presence, localization, enrichment and discovery on biological sequences. Its implementation for the enrichment analysis of PASPds motifs on the promoters of HTds genes rendered particular cis-elements that indicate certain transcription factor (TF) families as responsible of fruit HT-sensitive transcription regulation. Phylogenetic and postharvest expression data of these TFs showed a functional diversity of TF families, with members able to fulfil roles under HT, CS and/or both treatments. All integrated datasets and cisAnalyzer tool were deposited in FruitGeneDB (https://www.cefobi-conicet.gov.ar/FruitGeneDB/search1.php), a new available database with a great potential for fruit gene functional studies, including the markers of HT and CS responses whose study will contribute to unravel HT-driven CI-protection and select tolerant cultivars.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Springer
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
CHILLING INJURY
dc.subject
CISANALYZER
dc.subject
DATABASE
dc.subject
DATASET
dc.subject
HEAT TREATMENT
dc.subject
PRUNUS PERSICA
dc.subject
TRANSCRIPTIONAL REGULATION
dc.subject.classification
Otras Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Generation of fruit postharvest gene datasets and a novel motif analysis tool for functional studies: uncovering links between peach fruit heat treatment and cold storage responses
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-09-06T21:06:33Z
dc.journal.volume
251
dc.journal.number
2
dc.journal.pagination
1-18
dc.journal.pais
Alemania
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dc.journal.ciudad
Berlín
dc.description.fil
Fil: Gismondi, Mauro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Daurelio, Lucas Damian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina
dc.description.fil
Fil: Maiorano, Claudia Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Monti, Laura Lucía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lara, Maria Valeria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Drincovich, Maria Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Bustamante, Claudia Anabel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos; Argentina
dc.journal.title
Planta
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00425-020-03340-2
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1007/s00425-020-03340-2
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