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dc.contributor.author
Cortese, Iliana Julieta
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dc.contributor.author
Castrillo, María Lorena
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dc.contributor.author
Zapata, Pedro Dario
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dc.contributor.author
Laczeski, Margarita Ester
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dc.date.available
2021-10-22T15:59:51Z
dc.date.issued
2021-05
dc.identifier.citation
Cortese, Iliana Julieta; Castrillo, María Lorena; Zapata, Pedro Dario; Laczeski, Margarita Ester; Efecto del filtrado de secuencias en el ensamblado del genoma de bacillus altitudinis aislado de Ilex paraguariensis; Universidad Nacional de Colombia; Acta Biológica Colombiana; 26; 2; 5-2021; 170-177
dc.identifier.issn
1900-1649
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/144783
dc.description.abstract
Sin importar el tipo de tecnología aplicada para la secuenciación de un genoma, el filtrado de secuencias es un paso esencial, en el cual aquellas lecturas de baja calidad o parte de estas son eliminadas. En un ensamblado la construcción de un genoma se realiza a partir de la unión de lecturas cortas en cóntigos. Algunos ensambladores miden la relación que existe entre secuencias de una longitud fija (k-mer) que puede verse afectada por la presencia de secuencias de baja calidad. Un enfoque común para evaluar los ensamblados se basa en el análisis del número de cóntigos, la longitud del cóntigo más largo y el valor de N50,definido como la longitud del cóntigo que representa el 50% de la longitud del conjunto. En este contexto, el presente estudio tuvo como objetivo evaluar el efecto del uso de lecturas crudas y filtradas en los valores de los parámetros de calidad obtenidos en el ensamblado del genoma de la cepa de Bacillus altitudinis19RS3 aislada de Ilex paraguariensis. Se realizó el análisis de calidad de ambos archivos de partida con el software FastqC y se filtraron las lecturas con el software Trimmomatic. Para el ensamblado se utilizó el softwareSPAdes y para su evaluación la herramienta QUAST. El mejor ensamblado para B. altitudinis19RS3 se obtuvo a partir de las lecturas filtradas con el valor dek-mer79, que generó 16cóntigosmayores a 500 pb con un N50 de 931914 pb y el cóntigo más largo de 966271 pb.
dc.description.abstract
Sequence filtering is an essential step regardless of the type of technology applied for sequencing a genome, in which low-quality readings or a portion are eliminated. In an assembly, the construction of a genome is carried out from the union of short reads in contigs. Some assemblers measure the relationship between sequences of a fixed length (k-mer) that can be affected by the presence of low-quality sequences. A common approach to evaluating assemblies is based on the analysis of the number of contigs, the length of the longest contig, and the value of N50 defined as the length of the contig representing 50 % of the length of the assembly. In this context, the objective of this study was to evaluate the effect of the use of crude and filtered reads on the values of the quality parameters obtained from the genome assembly of Bacillus altituidinis 19RS3 isolated from Ilex paraguariensis. The quality analysis of both starting files was performed with the FastqC software and the readings were filtered with the Trimmomatic software. The SPAdes software was used for the assembly and the QUAST tool for its evaluation. The best assembly for B. altitudinis 19RS3 was obtained from the filtered readings with the value of k-mer 79, which generated 16 contigs greater than 500 bp with a N50 of 931 914 bp and the longest contig of 966 271 bp.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
spa
dc.publisher
Universidad Nacional de Colombia
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
ANALISIS DE SECUENCIAS
dc.subject
BIOLOGIA COMPUTACIONAL
dc.subject
CONTROL DE CALIDAD
dc.subject
GENOMAS BACTERIANOS
dc.subject.classification
Otras Ciencias Naturales y Exactas
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dc.subject.classification
Otras Ciencias Naturales y Exactas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Efecto del filtrado de secuencias en el ensamblado del genoma de bacillus altitudinis aislado de Ilex paraguariensis
dc.title
Effect of sequence filtering on the assembly of the bacillus altitudinis genome isolated from Ilex paraguariensis
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-07-30T18:53:10Z
dc.journal.volume
26
dc.journal.number
2
dc.journal.pagination
170-177
dc.journal.pais
Colombia
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dc.journal.ciudad
Bogotá
dc.description.fil
Fil: Cortese, Iliana Julieta. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Castrillo, María Lorena. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina
dc.description.fil
Fil: Zapata, Pedro Dario. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina
dc.description.fil
Fil: Laczeski, Margarita Ester. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina
dc.journal.title
Acta Biológica Colombiana
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.15446/abc.v26n2.86406
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/86406/77680
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