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dc.contributor.author
Lanzarotti, Esteban Omar
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dc.contributor.author
Defelipe, Lucas Alfredo
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dc.contributor.author
Marti, Marcelo Adrian
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dc.contributor.author
Turjanski, Adrian
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dc.date.available
2021-10-15T19:09:18Z
dc.date.issued
2020-05
dc.identifier.citation
Lanzarotti, Esteban Omar; Defelipe, Lucas Alfredo; Marti, Marcelo Adrian; Turjanski, Adrian; Aromatic clusters in protein-protein and protein-drug complexes; BioMed Central; Journal of Cheminformatics; 12; 1; 5-2020; 1-9
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/143936
dc.description.abstract
Aromatic rings are important residues for biological interactions and appear to a large extent as part of protein-drug and protein-protein interactions. They are relevant for both protein stability and molecular recognition processes due to their natural occurrence in aromatic aminoacids (Trp, Phe, Tyr and His) as well as in designed drugs since they are believed to contribute to optimizing both affinity and specificity of drug-like molecules. Despite the mentioned relevance, the impact of aromatic clusters on protein-protein and protein-drug complexes is still poorly characterized, especially in those that go beyond a dimer. In this work, we studied protein-drug and protein-protein complexes and systematically analyzed the presence and structure of their aromatic clusters. Our results show that aromatic clusters are highly prevalent in both protein-protein and protein-drug complexes, and suggest that protein-protein aromatic clusters have idealized interactions, probably because they were optimized by evolution, as compared to protein-drug clusters that were manually designed. Interestingly, the configuration, solvent accessibility and secondary structure of aromatic residues in protein-drug complexes shed light on the relation between these properties and compound affinity, allowing researchers to better design new molecules.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
BioMed Central
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
AROMATIC INTERACTIONS
dc.subject
PROTEIN-DRUG INTERACTIONS
dc.subject
PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Aromatic clusters in protein-protein and protein-drug complexes
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-09-07T18:56:57Z
dc.identifier.eissn
1758-2946
dc.journal.volume
12
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
1-9
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Lanzarotti, Esteban Omar. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Defelipe, Lucas Alfredo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Turjanski, Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.journal.title
Journal of Cheminformatics
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-020-00437-4
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1186/s13321-020-00437-4
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