Auto-deconvolution and molecular networking of gas chromatography–mass spectrometry data

Aksenov, Alexander A.; Laponogov, Ivan; Zhang, Zheng; Doran, Sophie L. F.; Belluomo, Ilaria; Veselkov, Dennis; Bittremieux, Wout; Nothias, Louis Felix; Nothias Esposito, Mélissa; Maloney, Katherine N.; Misra, Biswapriya B.; Melnik, Alexey V.; Smirnov, Aleksandr; Du, Xiuxia; Jones, Kenneth L.; Dorrestein, Kathleen; Panitchpakdi, Morgan; Ernst, Madeleine; van der Hooft, Justin J. J.; Gonzalez, Mabel; Carazzone, Chiara; Amézquita, Adolfo; Callewaert, Chris; Morton, James T.; Quinn, Robert A.; Bouslimani, Amina; Albarracín Orio, Andrea Georgina; Petras, Daniel; Smania, Andrea; Couvillion, Sneha P.; Burnet, Meagan C.; Nicora, Carrie D.; Zink, Erika; Metz, Thomas O.; Artaev, Viatcheslav; Humston Fulmer, Elizabeth; Gregor, Rachel; Meijler, Michael M.; Mizrahi, Itzhak; Eyal, Stav; Anderson, Brooke; Dutton, Rachel; Lugan, Raphaël; Boulch, Pauline Le; Guitton, Yann; Prevost, Stephanie; Poirier, Audrey; Dervilly, Gaud; Le Bizec, Bruno; Fait, Aaron; Persi, Noga Sikron; Song, Chao; Gashu, Kelem; Coras, Roxana; Guma, Monica; Manasson, Julia; Scher, Jose U.; Barupal, Dinesh Kumar; Alseekh, Saleh; Fernie, Alisdair R.; Mirnezami, Reza; Vasiliou, Vasilis; Schmid, Robin; Borisov, Roman S.; Kulikova, Larisa N.; Knight, Rob; Wang, Mingxun; Hanna, George B.; Dorrestein, Pieter; Veselkov, Kirill

doi:10.1038/s41587-020-0700-3

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Aksenov, Alexander A.

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Laponogov, Ivan

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Zhang, Zheng

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Doran, Sophie L. F.

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Belluomo, Ilaria

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Veselkov, Dennis

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Bittremieux, Wout

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Nothias, Louis Felix

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Nothias Esposito, Mélissa

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Maloney, Katherine N.

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Misra, Biswapriya B.

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Melnik, Alexey V.

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Smirnov, Aleksandr

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Du, Xiuxia

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Jones, Kenneth L.

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Dorrestein, Kathleen

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Panitchpakdi, Morgan

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Ernst, Madeleine

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van der Hooft, Justin J. J.

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Gonzalez, Mabel

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Carazzone, Chiara

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Amézquita, Adolfo

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Callewaert, Chris

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Morton, James T.

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Quinn, Robert A.

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Bouslimani, Amina

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Albarracín Orio, Andrea Georgina Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario

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Petras, Daniel Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario

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Smania, Andrea Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario

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Couvillion, Sneha P.

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Burnet, Meagan C.

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Nicora, Carrie D.

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Zink, Erika

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Metz, Thomas O.

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Artaev, Viatcheslav

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Humston Fulmer, Elizabeth

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Gregor, Rachel

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Meijler, Michael M.

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Mizrahi, Itzhak

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Eyal, Stav

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Anderson, Brooke

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Dutton, Rachel

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Lugan, Raphaël

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Boulch, Pauline Le

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Guitton, Yann

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Prevost, Stephanie

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Poirier, Audrey

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Dervilly, Gaud

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Le Bizec, Bruno

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Fait, Aaron

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Persi, Noga Sikron

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Song, Chao

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Gashu, Kelem

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Coras, Roxana

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Guma, Monica

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Manasson, Julia

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Scher, Jose U.

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Barupal, Dinesh Kumar

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Fernie, Alisdair R.

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Mirnezami, Reza

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Vasiliou, Vasilis

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Schmid, Robin

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Borisov, Roman S.

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Kulikova, Larisa N.

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Knight, Rob

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Wang, Mingxun

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Hanna, George B.

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Veselkov, Kirill

dc.date.available

2021-09-21T23:57:33Z

dc.date.issued

2021-02-09

dc.identifier.citation

Aksenov, Alexander A.; Laponogov, Ivan; Zhang, Zheng; Doran, Sophie L. F.; Belluomo, Ilaria; et al.; Auto-deconvolution and molecular networking of gas chromatography–mass spectrometry data; Nature Publishing Group; Nature Biotechnology; 39; 2; 9-2-2021; 169-173

dc.identifier.issn

1087-0156

dc.identifier.uri

http://hdl.handle.net/11336/141080

dc.description.abstract

We engineered a machine learning approach, MSHub, to enable auto-deconvolution of gas chromatography–mass spectrometry (GC–MS) data. We then designed workflows to enable the community to store, process, share, annotate, compare and perform molecular networking of GC–MS data within the Global Natural Product Social (GNPS) Molecular Networking analysis platform. MSHub/GNPS performs auto-deconvolution of compound fragmentation patterns via unsupervised non-negative matrix factorization and quantifies the reproducibility of fragmentation patterns across samples.

dc.format

application/pdf

dc.language.iso

eng

dc.publisher

Nature Publishing Group Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario

dc.rights

info:eu-repo/semantics/restrictedAccess

dc.rights.uri

https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/

dc.subject

METABOLOMICS

dc.subject

GC-MS

dc.subject

MACHINE LEARNING

dc.subject

NATURAL PRODUCTS

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Otras Ciencias Químicas Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario

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Ciencias Químicas Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario

dc.subject.classification

CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario

dc.title

Auto-deconvolution and molecular networking of gas chromatography–mass spectrometry data

dc.type

info:eu-repo/semantics/article

dc.type

info:ar-repo/semantics/artículo

dc.type

info:eu-repo/semantics/publishedVersion

dc.date.updated

2021-09-06T16:02:46Z

dc.journal.volume

39

dc.journal.number

2

dc.journal.pagination

169-173

dc.journal.pais

Reino Unido Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario

dc.journal.ciudad

Londres

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Fil: Aksenov, Alexander A.. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Laponogov, Ivan. Imperial College London; Reino Unido

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Fil: Zhang, Zheng. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Doran, Sophie L. F.. Imperial College London; Reino Unido

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Fil: Belluomo, Ilaria. Imperial College London; Reino Unido

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Fil: Veselkov, Dennis. Imperial College London; Reino Unido

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Fil: Bittremieux, Wout. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Nothias, Louis Felix. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Nothias Esposito, Mélissa. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Maloney, Katherine N.. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Misra, Biswapriya B.. Wake Forest School of Medicine; Estados Unidos

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Fil: Melnik, Alexey V.. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Smirnov, Aleksandr. University of North Carolina; Estados Unidos

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Fil: Du, Xiuxia. University of North Carolina; Estados Unidos

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Fil: Jones, Kenneth L.. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Panitchpakdi, Morgan. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Ernst, Madeleine. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: van der Hooft, Justin J. J.. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Gonzalez, Mabel. Universidad de los Andes; Colombia

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Fil: Carazzone, Chiara. Universidad de los Andes; Colombia

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Fil: Amézquita, Adolfo. Universidad de los Andes; Colombia

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Fil: Callewaert, Chris. University of California at San Diego; Estados Unidos

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Fil: Morton, James T.. University of California at San Diego; Estados Unidos

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Fil: Quinn, Robert A.. Michigan State University; Estados Unidos

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Fil: Bouslimani, Amina. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Albarracín Orio, Andrea Georgina. Universidad Católica de Córdoba. Instituto de Investigaciones en Recursos Naturales y Sustentabilidad José Sanchez Labrador S. J. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones en Recursos Naturales y Sustentabilidad José Sanchez Labrador S. J.; Argentina

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Fil: Petras, Daniel. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Smania, Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; Argentina

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Fil: Couvillion, Sneha P.. Pacific Northwest National Laboratory; Estados Unidos

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Fil: Burnet, Meagan C.. Pacific Northwest National Laboratory; Estados Unidos

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Fil: Nicora, Carrie D.. Pacific Northwest National Laboratory; Estados Unidos

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Fil: Zink, Erika. Pacific Northwest National Laboratory; Estados Unidos

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Fil: Metz, Thomas O.. Pacific Northwest National Laboratory; Estados Unidos

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Fil: Artaev, Viatcheslav. LECO Corporation; Estados Unidos

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Fil: Humston Fulmer, Elizabeth. LECO Corporation; Estados Unidos

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Fil: Gregor, Rachel. Ben Gurion University of the Negev; Israel

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Fil: Meijler, Michael M.. Ben Gurion University of the Negev; Israel

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Fil: Mizrahi, Itzhak. Ben Gurion University of the Negev; Israel

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Fil: Eyal, Stav. Ben Gurion University of the Negev; Israel

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Fil: Anderson, Brooke. University of California at San Diego; Estados Unidos

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Fil: Dutton, Rachel. University of California at San Diego; Estados Unidos

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Fil: Lugan, Raphaël. Université d’Avignon et des Pays du Vaucluse; Francia

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Fil: Boulch, Pauline Le. Université d’Avignon et des Pays du Vaucluse; Francia

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Fil: Guitton, Yann. Laboratoire d’Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments; Francia. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia

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Fil: Prevost, Stephanie. Laboratoire d’Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments; Francia. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia

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Fil: Poirier, Audrey. Laboratoire d’Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments; Francia. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia

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Fil: Dervilly, Gaud. Laboratoire d’Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments; Francia. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia

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Fil: Le Bizec, Bruno. Laboratoire d’Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments; Francia. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia

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Fil: Fait, Aaron. Ben Gurion University of the Negev; Israel

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Fil: Persi, Noga Sikron. Ben Gurion University of the Negev; Israel

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Fil: Song, Chao. Ben Gurion University of the Negev; Israel

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Fil: Gashu, Kelem. Ben Gurion University of the Negev; Israel

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Fil: Coras, Roxana. University of California at San Diego; Estados Unidos

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Fil: Guma, Monica. University of California at San Diego; Estados Unidos

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Fil: Manasson, Julia. University of California at San Diego; Estados Unidos

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Fil: Scher, Jose U.. New York University School of Medicine; Estados Unidos

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Fil: Barupal, Dinesh Kumar. Icahn School of Medicine at Mount Sinai; Estados Unidos

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Fil: Alseekh, Saleh. Max Planck Institute for Molecular Plant Physiology; Alemania

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Fil: Fernie, Alisdair R.. Max Planck Institute for Molecular Plant Physiology; Alemania

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Fil: Mirnezami, Reza. Royal Free Hospital NHS Foundation Trust; Reino Unido

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Fil: Vasiliou, Vasilis. University of Yale; Estados Unidos

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Fil: Schmid, Robin. University of Münster; Alemania

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Fil: Borisov, Roman S.. Academia de Ciencias de Rusia; Rusia

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Fil: Kulikova, Larisa N.. Рeoples’ Friendship University of Russia; Rusia

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Fil: Knight, Rob. University of California at San Diego; Estados Unidos

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Fil: Wang, Mingxun. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Hanna, George B.. Imperial College London; Reino Unido

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Fil: Dorrestein, Pieter. University of California at San Diego. Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences. Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center; Estados Unidos

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Fil: Veselkov, Kirill. Imperial College London; Reino Unido

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Nature Biotechnology Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario

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