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dc.contributor.author
Pereson Moschen, Matias Javier
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dc.contributor.author
Flichman, Diego Martin
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dc.contributor.author
Martínez, Alfredo P.
dc.contributor.author
Baré, Patricia
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dc.contributor.author
García, Gabriel Hugo
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dc.contributor.author
Di Lello, Federico Alejandro
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dc.date.available
2021-07-07T02:28:58Z
dc.date.issued
2021-01-29
dc.identifier.citation
Pereson Moschen, Matias Javier; Flichman, Diego Martin; Martínez, Alfredo P.; Baré, Patricia; García, Gabriel Hugo; et al.; Evolutionary analysis of SARS-CoV-2 spike protein for its different clades; Wiley-liss, div John Wiley & Sons Inc.; Journal of Medical Virology; 93; 5; 29-1-2021; 1-15
dc.identifier.issn
0146-6615
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/135610
dc.description.abstract
The spike protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has become the main target for antiviral and vaccine development. Despite its relevance, e information is scarse about its evolutionary traces. The aim of this study was to investigate the diversification patterns of the spike for each clade of SARS-CoV-2 through different approaches. Two thousand and one hundred sequences representing the seven clades of the SARS-CoV-2 were included. Patterns of genetic diversifications and nucleotide evolutionary rate were estimated for the spike genomic region. The haplotype networks showed a star shape, where multiple haplotypes with few nucleotide differences diverge from a common ancestor. Four hundred seventy-nine different haplotypes were defined in the seven analyzed clades. The main haplotype, named Hap-1, was the most frequent for clades G (54%), GH (54%), and GR (56%) and a different haplotype (named Hap-252) was the most important for clades L (63.3%), O (39.7%), S (51.7%), and V (70%). The evolutionary rate for the spike protein was estimated as 1.08 × 10−3 nucleotide substitutions/site/year. Moreover, the nucleotide evolutionary rate after nine months of the pandemic was similar for each clade. In conclusion, the present evolutionary analysis is relevant as the spike protein of SARS-CoV-2 is the target for most therapeutic candidates; besides, changes in this protein could have consequences on viral transmission, response to antivirals and efficacy of vaccines. Moreover, the evolutionary characterization of clades improves knowledge of SARS-CoV-2 and deserves to be assessed in more detail as re-infection by different phylogenetic clades has been reported.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley-liss, div John Wiley & Sons Inc.
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
CLADES
dc.subject
EVOLUTION
dc.subject
SARS-COV-2
dc.subject
SPIKE PROTEIN
dc.subject
COVID-19
dc.subject.classification
Enfermedades Infecciosas
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dc.subject.classification
Ciencias de la Salud
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dc.subject.classification
CIENCIAS MÉDICAS Y DE LA SALUD
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dc.title
Evolutionary analysis of SARS-CoV-2 spike protein for its different clades
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-07-05T18:16:21Z
dc.journal.volume
93
dc.journal.number
5
dc.journal.pagination
1-15
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.description.fil
Fil: Pereson Moschen, Matias Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquimica. Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Flichman, Diego Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Martínez, Alfredo P.. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Baré, Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Medicina Experimental. Academia Nacional de Medicina de Buenos Aires. Instituto de Medicina Experimental; Argentina
dc.description.fil
Fil: García, Gabriel Hugo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquimica. Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Di Lello, Federico Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquimica. Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.journal.title
Journal of Medical Virology
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jmv.26834
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1002/jmv.26834
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