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Genoud, Valeria
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Stortz, Martin Dario
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Waisman, Ariel
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Berardino, Bruno Gabriel
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Verneri, Paula
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Dansey, Maria Virginia
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dc.contributor.author
Salvatori, Melina
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dc.contributor.author
Remes Lenicov, Federico
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dc.contributor.author
Levi, Valeria
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dc.date.available
2021-07-07T01:43:30Z
dc.date.issued
2021-02-26
dc.identifier.citation
Genoud, Valeria; Stortz, Martin Dario; Waisman, Ariel; Berardino, Bruno Gabriel; Verneri, Paula; et al.; Extraction-free protocol combining proteinase K and heat inactivation for detection of SARS-CoV-2 by RT-qPCR; Public Library of Science; Plos One; 16; 2; 26-2-2021; 1-16
dc.identifier.issn
1932-6203
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/135606
dc.description.abstract
Real-time reverse transcription PCR (RT-qPCR) is the gold-standard technique for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) detection in nasopharyngeal swabs specimens. The analysis by RT-qPCR usually requires a previous extraction step to obtain the purified viral RNA. Unfortunately, RNA extraction constitutes a bottleneck for early detection in many countries since it is expensive, time-consuming and depends on the availability of commercial kits. Here, we describe an extraction-free protocol for SARS-CoV-2 detection by RT-qPCR from nasopharyngeal swab clinical samples in saline solution. The method includes a treatment with proteinase K followed by heat inactivation (PK+HID method). We demonstrate that PK+HID improves the RT-qPCR performance in comparison to the heat-inactivation procedure. Moreover, we show that this extraction-free protocol can be combined with a variety of multiplexing RT-qPCR kits. The method combined with a multiplexing detection kit targeting N and ORF1ab viral genes showed a sensitivity of 0.99 and a specificity of 0.99 from the analysis of 106 positive and 106 negative clinical samples. In conclusion, PK+HID is a robust, fast and inexpensive procedure for extraction-free RT-qPCR determinations of SARS-CoV-2. The National Administration of Drugs, Foods and Medical Devices of Argentina has recently authorized the use of this method.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Public Library of Science
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
SARS-COV-2
dc.subject
RNA EXTRACTION
dc.subject
PROTEASES
dc.subject
COVID-19
dc.subject.classification
Enfermedades Infecciosas
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dc.subject.classification
Ciencias de la Salud
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dc.subject.classification
CIENCIAS MÉDICAS Y DE LA SALUD
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dc.title
Extraction-free protocol combining proteinase K and heat inactivation for detection of SARS-CoV-2 by RT-qPCR
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-07-05T18:16:54Z
dc.journal.volume
16
dc.journal.number
2
dc.journal.pagination
1-16
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.journal.ciudad
San Francisco
dc.description.fil
Fil: Genoud, Valeria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Stortz, Martin Dario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Waisman, Ariel. Fundación para la Lucha Contra las Enfermedades Neurológicas de la Infancia. Instituto de Investigaciones Neurológicas "Raúl Carrea"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Berardino, Bruno Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Verneri, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Dansey, Maria Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Salvatori, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Remes Lenicov, Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones Biomédicas en Retrovirus y Sida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Levi, Valeria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.journal.title
Plos One
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1371/journal.pone.0247792
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0247792
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