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dc.contributor.author
Pisciottano, Francisco
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dc.contributor.author
Tarifa Reischle, Inti Carlos
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dc.contributor.author
Pegueroles Queralt, Cinta
dc.contributor.author
Willis, Jesse R.
dc.contributor.author
Julca Chavez, Irene Consuelo
dc.contributor.author
Gabaldón, Toni
dc.contributor.author
Saragueta, Patricia Esther
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dc.date.available
2021-05-06T17:10:27Z
dc.date.issued
2018
dc.identifier.citation
Determining population structure among Argentinian jaguars (Panthera onca); Exploring Genomic Landscapes EMBO Workshop; San Pedro de Atacama; Chile; 2018; 33
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/131532
dc.description.abstract
The jaguar (Panthera onca) is the largest felid in America and the most emblematic South American predator. This carnivore species holds a high environmental importance in all ecosystems it inhabits for its apex predator role. Jaguar populations have suffered an important decline over the last century and today this species is considered as critically endangered in Argentina. Ensuring the sustainability of the<br />remaining jaguar populations demands a high degree of knowledge about the current state of their genetic variability levels and a description of population structure is essential, especially to allow rational translocation and reintroduction actions. The first jaguar reference genome was released in<br />2017 (Figueiro et al. 2017) by the Jaguar Genome Project, a consortium we integrate.<br />With the aim of generating useful resources and information for the jaguar genetics and conservation from the genomic perspective, we carried out the whole genome sequencing of 9 jaguar samples using Illumina 2500 NSG technology. Here we present the first results obtained from these 9 genomes<br />compared to the reference. We performed a population structure analysis in order to estimate the optimal number of populations present in our data and a Multiple Correspondece Analysis (MCA) clustering of our samples based on over 280.000 homozygous variable positions in their genomes. The<br />estimation of the optimal number of populations present among our samples resulted in 6, according to the Structure analysis. However, the MCA clustering analysis only revealed 5 groups of individuals. The main genetic cluster of animal obtained is integrated by captive animals from zoos and natural reserves and surprisingly a Paraguayan male. Apart from this central group, a wild Argentinian sample from Misiones (a province in the north-east of the country) was located. Also, an animal of Uruguayan origin and the reference, built from a Brazilian animal, located in individual clusters.<br />More work including heterozygous variable position analysis will be performed to better describe the genetic variability among the sequenced jaguar genomes and accurately describe the current genetic situation and population structure of this species in Argentinian territory.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
EMBO
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
JAGUAR
dc.subject
POPULATION
dc.subject
STRUCTURE
dc.subject
GENOME
dc.subject.classification
Ciencias de la Información y Bioinformática
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dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.subject.classification
Conservación de la Biodiversidad
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Determining population structure among Argentinian jaguars (Panthera onca)
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type
info:eu-repo/semantics/conferenceObject
dc.type
info:ar-repo/semantics/documento de conferencia
dc.date.updated
2021-04-27T13:36:51Z
dc.journal.pagination
33
dc.journal.pais
Chile
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dc.journal.ciudad
San Pedro de Atacama
dc.description.fil
Fil: Pisciottano, Francisco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
dc.description.fil
Fil: Tarifa Reischle, Inti Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina
dc.description.fil
Fil: Pegueroles Queralt, Cinta. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
dc.description.fil
Fil: Willis, Jesse R.. Centro de Regulación Genómica; España
dc.description.fil
Fil: Julca Chavez, Irene Consuelo. Centro de Regulación Genómica; España. Universitat Pompeu Fabra; España
dc.description.fil
Fil: Gabaldón, Toni. Centro de Regulación Genómica; España. Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats ; España
dc.description.fil
Fil: Saragueta, Patricia Esther. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.atacamagenomes.cl/ewExternalFiles/Program%20Abstracts%20Atacama%20Workshop.pdf
dc.conicet.rol
Autor
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dc.conicet.rol
Autor
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dc.coverage
Internacional
dc.type.subtype
Taller
dc.description.nombreEvento
Exploring Genomic Landscapes EMBO Workshop
dc.date.evento
2018-01-10
dc.description.ciudadEvento
San Pedro de Atacama
dc.description.paisEvento
Chile
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dc.type.publicacion
Book
dc.description.institucionOrganizadora
EMBO
dc.description.institucionOrganizadora
Center for Genomic Regulation
dc.source.libro
Exploring genomic landscapes: an EMBO workshop: abstracts
dc.source.revista
libro de resúmenes del Exploring Genomic Landscapes EMBO Workshop
dc.date.eventoHasta
2018-01-12
dc.type
Taller
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