Mostrar el registro sencillo del ítem
dc.contributor.author
Murillo, Javier
dc.contributor.author
Spetale, Flavio Ezequiel
dc.contributor.author
Guillaume, Serge
dc.contributor.author
Bulacio, Pilar Estela
dc.contributor.author
Garcia Labari, Ignacio
dc.contributor.author
Cailloux, Olivier
dc.contributor.author
Destercke, Sebastien
dc.contributor.author
Tapia Paredes, Elizabeth
dc.date.available
2021-03-04T12:22:36Z
dc.date.issued
2020-03
dc.identifier.citation
Murillo, Javier; Spetale, Flavio Ezequiel; Guillaume, Serge; Bulacio, Pilar Estela; Garcia Labari, Ignacio; et al.; Consistency of the tools that predict the impact of single nucleotide variants (SNVs) on gene functionality: The BRCA1 gene; Molecular Diversity Preservation International; Biomolecules; 10; 3; 3-2020; 1-14
dc.identifier.issn
2218-273X
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/127386
dc.description.abstract
Single nucleotide variants (SNVs) occurring in a protein coding gene may disrupt its function in multiple ways. Predicting this disruption has been recognized as an important problem in bioinformatics research. Many tools, hereafter p-tools, have been designed to perform these predictions and many of them are now of common use in scientific research, even in clinical applications. This highlights the importance of understanding the semantics of their outputs. To shed light on this issue, two questions are formulated, (i) do p-tools provide similar predictions? (inner consistency), and (ii) are these predictions consistent with the literature? (outer consistency). To answer these, six p-tools are evaluated with exhaustive SNV datasets from the BRCA1 gene. Two indices, called Kall and Kstrong, are proposed to quantify the inner consistency of pairs of p-tools while the outer consistency is quantified by standard information retrieval metrics. While the inner consistency analysis reveals that most of the p-tools are not consistent with each other, the outer consistency analysis reveals they are characterized by a low prediction performance. Although this result highlights the need of improving the prediction performance of individual p-tools, the inner consistency results pave the way to the systematic design of truly diverse ensembles of p-tools that can overcome the limitations of individual members.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Molecular Diversity Preservation International
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
BRCA1 GENE
dc.subject
CONSISTENCY OF TOOLS
dc.subject
PREDICTION TOOLS
dc.subject
PREFERENCE RELATIONS
dc.subject
SNV
dc.subject.classification
Ciencias de la Información y Bioinformática
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Consistency of the tools that predict the impact of single nucleotide variants (SNVs) on gene functionality: The BRCA1 gene
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-08-05T16:40:24Z
dc.journal.volume
10
dc.journal.number
3
dc.journal.pagination
1-14
dc.journal.pais
Suiza
dc.journal.ciudad
Basilea
dc.description.fil
Fil: Murillo, Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Spetale, Flavio Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Guillaume, Serge. Université Montpellier II; Francia
dc.description.fil
Fil: Bulacio, Pilar Estela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Garcia Labari, Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cailloux, Olivier. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia
dc.description.fil
Fil: Destercke, Sebastien. Université de Technologie de Compiègne; Francia
dc.description.fil
Fil: Tapia Paredes, Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
dc.journal.title
Biomolecules
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.mdpi.com/2218-273X/10/3/475
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.3390/biom10030475
Archivos asociados