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dc.contributor.author
Sabando, María Virginia
dc.contributor.author
Ulbrich, Pavol
dc.contributor.author
Selzer, Matias Nicolas
dc.contributor.author
Byska, Jan
dc.contributor.author
Mican, Jan
dc.contributor.author
Ponzoni, Ignacio
dc.contributor.author
Soto, Axel Juan
dc.contributor.author
Ganuza, María Luján
dc.contributor.author
Kozlikova, Barbora
dc.date.available
2021-03-01T14:26:52Z
dc.date.issued
2021-02-13
dc.identifier.citation
Sabando, María Virginia; Ulbrich, Pavol; Selzer, Matias Nicolas; Byska, Jan; Mican, Jan; et al.; ChemVA: Interactive visual analysis of chemical compound similarity in virtual screening; IEEE Computer Society; IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics; 27; 2; 13-2-2021; 891-901
dc.identifier.issn
1077-2626
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/126963
dc.description.abstract
In the modern drug discovery process, medicinal chemists deal with the complexity of analysis of large ensembles of candidate molecules. Computational tools, such as dimensionality reduction (DR) and classification, are commonly used to efficiently process the multidimensional space of features. These underlying calculations often hinder interpretability of results and prevent experts from assessing the impact of individual molecular features on the resulting representations. To provide a solution for scrutinizing such complex data, we introduce ChemVA, an interactive application for the visual exploration of large molecular ensembles and their features. Our tool consists of multiple coordinated views: Hexagonal view, Detail view, 3D view, Table view, and a newly proposed Difference view designed for the comparison of DR projections. These views display DR projections combined with biological activity, selected molecular features, and confidence scores for each of these projections. This conjunction of views allows the user to drill down through the dataset and to efficiently select candidate compounds. Our approach was evaluated on two case studies of finding structurally similar ligands with similar binding affinity to a target protein, as well as on an external qualitative evaluation. The results suggest that our system allows effective visual inspection and comparison of different high-dimensional molecular representations. Furthermore, ChemVA assists in the identification of candidate compounds while providing information on the certainty behind different molecular representations.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
IEEE Computer Society
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
Tools
dc.subject
Compounds
dc.subject
Visualization
dc.subject
Two dimensional displays
dc.subject
Drugs
dc.subject
Three-dimensional displays
dc.subject
Chemicals
dc.subject.classification
Otras Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
ChemVA: Interactive visual analysis of chemical compound similarity in virtual screening
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-12-04T14:47:22Z
dc.identifier.eissn
1941-0506
dc.journal.volume
27
dc.journal.number
2
dc.journal.pagination
891-901
dc.journal.pais
Estados Unidos
dc.journal.ciudad
Los Alamitos
dc.description.fil
Fil: Sabando, María Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ulbrich, Pavol. Masaryk University. Faculty of Sciences; República Checa
dc.description.fil
Fil: Selzer, Matias Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Laboratorio de Ciencias de la Imágenes; Argentina
dc.description.fil
Fil: Byska, Jan. Masaryk University. Faculty of Sciences; República Checa
dc.description.fil
Fil: Mican, Jan. Masaryk University. Faculty of Sciences; República Checa
dc.description.fil
Fil: Ponzoni, Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
dc.description.fil
Fil: Soto, Axel Juan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ganuza, María Luján. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Instituto de Ciencias e Ingeniería de la Computación; Argentina. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Ciencias e Ingeniería de la Computación. Laboratorio de Ciencias de la Imágenes; Argentina
dc.description.fil
Fil: Kozlikova, Barbora. Masaryk University. Faculty of Sciences; República Checa
dc.journal.title
IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://ieeexplore.ieee.org/document/9222282/
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/ 10.1109/TVCG.2020.3030438
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://arxiv.org/abs/2008.13150
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