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dc.contributor.author
Barquera, Rodrigo
dc.contributor.author
Hernández Zaragoza, Diana Iraíz
dc.contributor.author
Bravo Acevedo, Alicia
dc.contributor.author
Arrieta Bolaños, Esteban
dc.contributor.author
Clayton, Stephen
dc.contributor.author
Acuña Alonzo, Víctor
dc.contributor.author
Martínez Álvarez, Julio César
dc.contributor.author
López Gil, Concepción
dc.contributor.author
Adalid Sáinz, Carmen
dc.contributor.author
Vega Martínez, María del Rosario
dc.contributor.author
Escobedo Ruíz, Araceli
dc.contributor.author
Juárez Cortés, Eva Dolores
dc.contributor.author
Immel, Alexander
dc.contributor.author
Pacheco Ubaldo, Hanna
dc.contributor.author
González Medina, Liliana
dc.contributor.author
Lona Sánchez, Abraham
dc.contributor.author
Lara Riegos, Julio
dc.contributor.author
Sánchez Fernández, María Guadalupe de Jesús
dc.contributor.author
Díaz López, Rosario
dc.contributor.author
Guizar López, Gregorio Ulises
dc.contributor.author
Medina Escobedo, Carolina Elizabeth
dc.contributor.author
Arrazola García, María Araceli
dc.contributor.author
Montiel Hernández, Gustavo Daniel
dc.contributor.author
Hernández Hernández, Ofelia
dc.contributor.author
Ramos de la Cruz, Flor del Rocío
dc.contributor.author
Juárez Nicolás, Francisco
dc.contributor.author
Pantoja Torres, Jorge Arturo
dc.contributor.author
Rodríguez Munguía, Tirzo Jesús
dc.contributor.author
Juárez Barreto, Vicencio
dc.contributor.author
Gonzalez-Jose, Rolando
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dc.date.available
2021-02-17T19:30:05Z
dc.date.issued
2020-09
dc.identifier.citation
Barquera, Rodrigo; Hernández Zaragoza, Diana Iraíz; Bravo Acevedo, Alicia; Arrieta Bolaños, Esteban; Clayton, Stephen; et al.; The immunogenetic diversity of the HLA system in Mexico correlates with underlying population genetic structure; Elsevier Science Inc; Human Immunology; 81; 9; 9-2020; 461-474
dc.identifier.issn
0198-8859
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/125846
dc.description.abstract
We studied HLA class I (HLA-A, -B) and class II (HLA-DRB1, -DQB1) allele groups and alleles by PCR-SSP based typing in a total of 15,318 mixed ancestry Mexicans from all the states of the country divided into 78 sample sets, providing information regarding allelic and haplotypic frequencies and their linkage disequilibrium, as well as admixture estimates and genetic substructure. We identified the presence of 4268 unique HLA extended haplotypes across Mexico and find that the ten most frequent (HF > 1%) HLA haplotypes with significant linkage disequilibrium (Δ’≥0.1) in Mexico (accounting for 20% of the haplotypic diversity of the country) are of primarily Native American ancestry (A*02~B*39~DRB1*04~DQB1*03:02, A*02~B*35~DRB1*08~DQB1*04, A*68~B*39~DRB1*04~DQB1*03:02, A*02~B*35~DRB1*04~DQB1*03:02, A*24~B*39~DRB1*14~DQB1*03:01, A*24~B*35~DRB1*04~DQB1*03:02, A*24~B*39~DRB1*04~DQB1*03:02, A*02~B*40:02~DRB1*04~DQB1*03:02, A*68~B*35~DRB1*04~DQB1*03:02, A*02~B*15:01~DRB1*04~DQB1*03:02). Admixture estimates obtained by a maximum likelihood method using HLA-A/-B/-DRB1 as genetic estimators revealed that the main genetic components in Mexico as a whole are Native American (ranging from 37.8% in the northern part of the country to 81.5% in the southeastern region) and European (ranging from 11.5% in the southeast to 62.6% in northern Mexico). African admixture ranged from 0.0 to 12.7% not following any specific pattern. We were able to detect three major immunogenetic clusters correlating with genetic diversity and differential admixture within Mexico: North, Central and Southeast, which is in accordance with previous reports using genome-wide data. Our findings provide insights into the population immunogenetic substructure of the whole country and add to the knowledge of mixed ancestry Latin American population genetics, important for disease association studies, detection of demographic signatures on population variation and improved allocation of public health resources.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Elsevier Science Inc
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.subject
ADMIXTURE
dc.subject
GENETIC SUBSTRUCTURE
dc.subject
HLA
dc.subject
IMMUNOGENETICS
dc.subject
LATIN AMERICAN POPULATIONS
dc.subject
MEXICO
dc.subject
POPULATION GENETICS
dc.subject.classification
Genética y Herencia
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
The immunogenetic diversity of the HLA system in Mexico correlates with underlying population genetic structure
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-02-10T16:57:40Z
dc.journal.volume
81
dc.journal.number
9
dc.journal.pagination
461-474
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.journal.ciudad
Amsterdam
dc.description.fil
Fil: Barquera, Rodrigo. Max Planck Institute For The Science Of Human History; Alemania. Instituto Nacional de Antropología E Historia. Escuela Nacional de Antropología E Historia; México
dc.description.fil
Fil: Hernández Zaragoza, Diana Iraíz. Técnicas Genéticas Aplicadas A la Clínica (tgac); México. Instituto Nacional de Antropología E Historia. Escuela Nacional de Antropología E Historia; México
dc.description.fil
Fil: Bravo Acevedo, Alicia. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
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Fil: Arrieta Bolaños, Esteban. Universitat Essen; Alemania
dc.description.fil
Fil: Clayton, Stephen. Max Planck Institute For The Science Of Human History; Alemania
dc.description.fil
Fil: Acuña Alonzo, Víctor. Instituto Nacional de Antropología E Historia, Mexico; México
dc.description.fil
Fil: Martínez Álvarez, Julio César. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
dc.description.fil
Fil: López Gil, Concepción. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
dc.description.fil
Fil: Adalid Sáinz, Carmen. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
dc.description.fil
Fil: Vega Martínez, María del Rosario. Hospital Central Sur de Alta Especialidad; México
dc.description.fil
Fil: Escobedo Ruíz, Araceli. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
dc.description.fil
Fil: Juárez Cortés, Eva Dolores. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
dc.description.fil
Fil: Immel, Alexander. Max Planck Institute For The Science Of Human History; Alemania. Christian Albrechts Universitat Zu Kiel; Alemania
dc.description.fil
Fil: Pacheco Ubaldo, Hanna. Instituto Nacional de Antropología E Historia. Escuela Nacional de Antropología E Historia; México
dc.description.fil
Fil: González Medina, Liliana. Instituto Nacional de Antropología E Historia. Escuela Nacional de Antropología E Historia; México
dc.description.fil
Fil: Lona Sánchez, Abraham. Instituto Nacional de Antropología E Historia. Escuela Nacional de Antropología E Historia; México
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Fil: Lara Riegos, Julio. Universidad Autónoma de Yucatán; México
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Fil: Sánchez Fernández, María Guadalupe de Jesús. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
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Fil: Díaz López, Rosario. Hospital Central Militar, Mexico City; México
dc.description.fil
Fil: Guizar López, Gregorio Ulises. Hospital Central Militar, Mexico City; México
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Fil: Medina Escobedo, Carolina Elizabeth. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
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Fil: Arrazola García, María Araceli. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
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Fil: Montiel Hernández, Gustavo Daniel. Instituto Nacional de Antropología E Historia. Escuela Nacional de Antropología E Historia; México
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Fil: Hernández Hernández, Ofelia. Técnicas Genéticas Aplicadas a la Clínica ; México
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Fil: Ramos de la Cruz, Flor del Rocío. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
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Fil: Juárez Nicolás, Francisco. Instituto Nacional de Pediatría; México
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Fil: Pantoja Torres, Jorge Arturo. Instituto Mexicano del Seguro Social; México
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Fil: Rodríguez Munguía, Tirzo Jesús. Hospital General Norberto Treviño Zapata; México
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Fil: Juárez Barreto, Vicencio. Hospital Infantil de Mexico Federico Gomez; México
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Fil: Gonzalez-Jose, Rolando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Centro Nacional Patagónico. Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas; Argentina
dc.journal.title
Human Immunology
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.humimm.2020.06.008
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0198-8859(20)30343-8
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