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dc.contributor.author
Jara Toro, Rafael Alejandro
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dc.contributor.author
Pino, Gustavo Ariel
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dc.contributor.author
Glowaki, David R.
dc.contributor.author
Shannon, Robin J.
dc.contributor.author
Martínez Núñez, Emilio
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dc.date.available
2021-02-11T11:44:55Z
dc.date.issued
2019-09
dc.identifier.citation
Jara Toro, Rafael Alejandro; Pino, Gustavo Ariel; Glowaki, David R.; Shannon, Robin J.; Martínez Núñez, Emilio; Enhancing automated reaction discovery with boxed molecular dynamics in energy space; WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA; ChemSystemsChem; 2; 0024; 9-2019; 1-10
dc.identifier.issn
2570-4206
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/125420
dc.description.abstract
The rare event acceleration method BXDE is interfaced inthe present work with the automated reaction discovery methodAutoMeKin. To test the efficiency of the combined AutoMeKin-BXDEprocedure, the ozonolysis of -pinene is studied in comparison withstandard AutoMeKin. AutoMeKin-BXDE locates intermediates andtransition states that are more densely connected with each other andapproximately 50 kcal/mol more stable than those found with standardAutoMeKin. Other than the different density of edges between thenodes, both networks are scale-free and display small-worldproperties, mimicking the network of organic chemistry. Finally, whileAutoMeKin-BXDE finds more transition states than those previouslyreported for O3 + -pinene, the standard procedure fails to locatesome of the previously published reaction pathways using the samesimulation time of 2.5 ns. In summary, the mixed procedure is verypromising and clearly outperforms the standard simulation algorithmsimplemented in AutoMeKin. BXDE will be available in the next releaseof AutoMekin.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
ENHANCING AUTOMATED REACTION DISCOVERY
dc.subject
BOXED MOLECULAR DYNAMICS (BXDE)
dc.subject
AUTOMEKIN
dc.subject.classification
Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica
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dc.subject.classification
Ciencias Químicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Enhancing automated reaction discovery with boxed molecular dynamics in energy space
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-11-17T18:33:11Z
dc.journal.volume
2
dc.journal.number
0024
dc.journal.pagination
1-10
dc.journal.pais
Alemania
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dc.journal.ciudad
Weinheim
dc.description.fil
Fil: Jara Toro, Rafael Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Fisicoquímica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Pino, Gustavo Ariel. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Fisicoquímica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba; Argentina
dc.description.fil
Fil: Glowaki, David R.. University Of Bristol. School Of Chemistry; Reino Unido
dc.description.fil
Fil: Shannon, Robin J.. University Of Bristol. School Of Chemistry; Reino Unido
dc.description.fil
Fil: Martínez Núñez, Emilio. Universidad de Santiago de Compostela; España
dc.journal.title
ChemSystemsChem
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1002/syst.201900024R1
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/syst.201900024
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