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dc.contributor.author
Charris Molina, Andres Fernando
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dc.contributor.author
Riquelme, Gabriel
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dc.contributor.author
Burdisso, Paula
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dc.contributor.author
Hoijemberg, Pablo Ariel
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dc.date.available
2021-02-03T02:32:24Z
dc.date.issued
2020-05-25
dc.identifier.citation
Charris Molina, Andres Fernando; Riquelme, Gabriel; Burdisso, Paula; Hoijemberg, Pablo Ariel; Consecutive Queries to Assess Biological Correlation in NMR Metabolomics: Performance of Comprehensive Search of Multiplets over Typical 1D 1H NMR Database Search; American Chemical Society; Journal of Proteome Research; 19; 8; 25-5-2020; 2977-2988
dc.identifier.issn
1535-3893
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/124534
dc.description.abstract
NMR-based metabolomics requires proper identification of metabolites to draw conclusions from the system under study. Normally, multivariate data analysis is performed using 1D 1H NMR spectra, and identification of peaks (and then compounds) relevant to the classification is accomplished using database queries as a first step. 1D 1H NMR spectra of complex mixtures often suffer from peak overlap. To overcome this issue, several studies employed the projections of the (tilted and symmetrized) 2D 1H J-resolved (JRES) spectra, p-JRES, which are similar to 1D 1H decoupled spectra. Nonetheless, there are no public databases available that allow searching for chemical shift spectral data for multiplets. We present the Chemical Shift Multiplet Database (CSMDB), built utilizing JRES spectra obtained from the Birmingham Metabolite Library. The CSMDB provides scoring accounting for both matched and unmatched peaks from a query list and the database hits. This input list is generated from a projection of a 2D statistical correlation analysis on the JRES spectra, p-(JRES-STOCSY), being able to compare the multiplets for the matched peaks, in essence, the f1 traces from the JRES-STOCSY spectrum and from the database hit. The inspection of the unmatched peaks for the database hit allows the retrieval of peaks in the query list that have a decreased correlation coefficient due to low intensities. The CSMDB is coupled to "ConQuer ABC", which permits the assessment of biological correlation by means of consecutive queries with the unmatched peaks in the first and subsequent queries.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
American Chemical Society
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
NMR
dc.subject
J-RESOLVED
dc.subject
DATABASE
dc.subject
METABOLOMICS
dc.subject
METABOLITE
dc.subject
IDENTIFICATION
dc.subject
STOCSY
dc.subject
BIOLOGICAL CORRELATION
dc.subject
OVERLAP
dc.subject
COMPLEX MIXTURE
dc.subject.classification
Química Analítica
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dc.subject.classification
Ciencias Químicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Consecutive Queries to Assess Biological Correlation in NMR Metabolomics: Performance of Comprehensive Search of Multiplets over Typical 1D 1H NMR Database Search
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-10-27T17:50:12Z
dc.journal.volume
19
dc.journal.number
8
dc.journal.pagination
2977-2988
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.description.fil
Fil: Charris Molina, Andres Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones en Bionanociencias "Elizabeth Jares Erijman"; Argentina. Universidad de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Riquelme, Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones en Bionanociencias "Elizabeth Jares Erijman"; Argentina. Universidad de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Burdisso, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina
dc.description.fil
Fil: Hoijemberg, Pablo Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Centro de Investigaciones en Bionanociencias "Elizabeth Jares Erijman"; Argentina
dc.journal.title
Journal of Proteome Research
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.9b00872
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1021/acs.jproteome.9b00872
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