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dc.contributor.author
Boubeta, Fernando Martín
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dc.contributor.author
Contestín García, Rocío María
dc.contributor.author
Lorenzo, Ezequiel Norberto
dc.contributor.author
Boechi, Leonardo
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dc.contributor.author
Estrin, Dario Ariel
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dc.contributor.author
Sued, Raquel Mariela
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dc.contributor.author
Arrar, Mehrnoosh
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dc.date.available
2021-01-26T13:31:56Z
dc.date.issued
2019-01
dc.identifier.citation
Boubeta, Fernando Martín; Contestín García, Rocío María; Lorenzo, Ezequiel Norberto; Boechi, Leonardo; Estrin, Dario Ariel; et al.; Lessons learned about steered molecular dynamics simulations and free energy calculations; Wiley Blackwell Publishing, Inc; Chemical Biology & Drug Design; 93; 6; 1-2019; 1129-1138
dc.identifier.issn
1747-0277
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/123697
dc.description.abstract
The calculation of free energy profiles is central in understanding differential enzymatic activity, for instance, involving chemical reactions that require QM-MM tools, ligand migration, and conformational rearrangements that can be modeled using classical potentials. The use of steered molecular dynamics (sMD) together with the Jarzynski equality is a popular approach in calculating free energy profiles. Here, we first briefly review the application of the Jarzynski equality to sMD simulations, then revisit the so-called stiff-spring approximation and the consequent expectation of Gaussian work distributions and, finally, reiterate the practical utility of the second-order cumulant expansion, as it coincides with the parametric maximum-likelihood estimator in this scenario. We illustrate this procedure using simulations of CO, both in aqueous solution and in a carbon nanotube as a model system for biologically relevant nanoheterogeneous environments. We conclude the use of the second-order cumulant expansion permits the use of faster pulling velocities in sMD simulations, without introducing bias due to large dispersion in the non-equilibrium work distribution.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley Blackwell Publishing, Inc
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
FREE ENERGY
dc.subject
JARZYNSKI
dc.subject
MAXIMUM LIKELIHOOD
dc.subject
STEERED MOLECULAR DYNAMICS
dc.subject.classification
Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica
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dc.subject.classification
Ciencias Químicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Lessons learned about steered molecular dynamics simulations and free energy calculations
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-11-20T14:41:31Z
dc.journal.volume
93
dc.journal.number
6
dc.journal.pagination
1129-1138
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Boubeta, Fernando Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Contestín García, Rocío María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lorenzo, Ezequiel Norberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Boechi, Leonardo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Estrin, Dario Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Sued, Raquel Mariela. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Cálculo; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Arrar, Mehrnoosh. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.journal.title
Chemical Biology & Drug Design
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1111/cbdd.13485
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