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dc.contributor.author
Rohr, Cristian Oscar
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dc.contributor.author
Gonzalo Parra, R.
dc.contributor.author
Yankilevich, Patricio
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dc.contributor.author
Perez Castro, Carolina Ines
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dc.date.available
2017-02-01T15:40:44Z
dc.date.issued
2013-10
dc.identifier.citation
Rohr, Cristian Oscar; Gonzalo Parra, R.; Yankilevich, Patricio; Perez Castro, Carolina Ines; INSECT: In silico search for co-occurring transcription factors; Oxford University Press; Bioinformatics (oxford, England); 29; 22; 10-2013; 2852-2858
dc.identifier.issn
1367-4803
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/12301
dc.description.abstract
P. Yankilevich & C Perez Castro both corresponding authors. Motivation: Transcriptional regulation occurs through the concerted actions of multiple transcription factors (TFs) that bind cooperatively to cis-regulatory modules (CRMs) of genes. These CRMs usually contain a variable number of transcription factor-binding sites(TFBSs) involved in related cellular and physiological processes. Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) has been effective in detecting TFBSs and nucleosome location in order to identify potential CRMs in genome-wide studies. Although several attempts were previously reported to predict the potential binding of TFs at TFBSs within CRMs by comparing different ChIP-seq data, these have been hampered by excessive background, usually emerging as a consequence of experimental conditions. To understand these complex regulatory circuits, it would be helpful to have reliable and updated user-friendly tools to assist in the identification of TFBSs and CRMs for genes of interest. Results: Here we present INSECT (IN-silico SEarch for Co-occurring Transcription factors), a novel web server for identifying potential TFBSs and CRMs in gene sequences. By combining several strategies, INSECT provides flexible analysis of multiple co-occurring TF binding sites, by applying differing search schemes and restriction parameters. Availability: INSECT is freely available as a web server at http://bioinformatics.ibioba-mpsp-conicet.gov.ar/INSECT
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Sequence Analysis
dc.subject
Motif Finding
dc.subject
Bioinformatics
dc.subject.classification
Ciencias de la Información y Bioinformática
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dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
INSECT: In silico search for co-occurring transcription factors
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2016-12-12T20:46:30Z
dc.journal.volume
29
dc.journal.number
22
dc.journal.pagination
2852-2858
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Rohr, Cristian Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Ecología, Genética y Evolución de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gonzalo Parra, R.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Yankilevich, Patricio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigación en Biomedicina de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Perez Castro, Carolina Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigación en Biomedicina de Buenos Aires; Argentina
dc.journal.title
Bioinformatics (oxford, England)
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/bioinformatics/article/29/22/2852/316096/INSECT-IN-silico-SEarch-for-Co-occurring
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt506
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