Mostrar el registro sencillo del ítem
dc.contributor.author
Echave, Julián
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.date.available
2020-12-30T18:34:45Z
dc.date.issued
2018-12-27
dc.identifier.citation
Echave, Julián; Beyond Stability Constraints: A biophysical model of enzyme evolution with selection on stability and activity; Oxford University Press; Molecular Biology and Evolution; 36; 3; 27-12-2018; 613-620
dc.identifier.issn
0737-4038
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/121366
dc.description.abstract
The rate of evolution varies among sites within proteins. In enzymes, two rate gradients are observed: rate decreases with increasing local packing and it increases with increasing distance from catalytic residues. The rate-packing gradient would be mainly due to stability constraints and is well reproduced by biophysical models with selection for protein stability. However, stability constraints are unlikely to account for the rate-distance gradient. Here, to explore the mechanistic underpinnings of the rate gradients observed in enzymes, I propose a stability-activity model of enzyme evolution, MSA. This model is based on a two-dimensional fitness function that depends on stability, quantified by Î "G, the enzyme's folding free energy, and activity, quantified by Î "G∗, the activation energy barrier of the enzymatic reaction. I test MSA on a diverse data set of enzymes, comparing it with two simpler models: MS, which depends only on Î "G, and MA, which depends only on Î "G∗. I found that MSA clearly outperforms both MS and MA and it accounts for both the rate-packing and rate-distance gradients. Thus, MSA captures the distribution of stability and activity constraints within enzymes, explaining the resulting patterns of rate variation among sites.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
ACTIVITY CONSTRAINTS
dc.subject
PROTEIN EVOLUTION MODEL
dc.subject
SITE-SPECIFIC RATES
dc.subject
STABILITY CONSTRAINTS
dc.subject.classification
Biofísica
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Físico-Química, Ciencia de los Polímeros, Electroquímica
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Ciencias Químicas
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Física Atómica, Molecular y Química
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Ciencias Físicas
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.title
Beyond Stability Constraints: A biophysical model of enzyme evolution with selection on stability and activity
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-12-21T17:23:17Z
dc.identifier.eissn
1537-1719
dc.journal.volume
36
dc.journal.number
3
dc.journal.pagination
613-620
dc.journal.pais
Reino Unido
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Echave, Julián. Universidad Nacional de San Martín. Escuela de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.journal.title
Molecular Biology and Evolution
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1093/molbev/msy244
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/mbe/article-abstract/36/3/613/5261347
Archivos asociados