Metodologías para la detección de SARS-CoV-2 y análisis de carga viral mediante RT-PCR cuantitativa

Abstract

En diciembre de 2019, se produjo un nuevo brote de enfermedad por coronavirus (COVID-19) en Wuhan, China. El síndrome respiratorio agudo severo-coronavirus-2 (SARS-CoV-2), que es el séptimo coronavirus conocido que infecta a los humanos, es altamente infeccioso y se ha expandido rápidamente en todo el mundo desde su descubrimiento. El diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2 se basa en la detección del genoma viral (ARN) a través de técnicas de biología molecular. Con este fin, se extrae el ARN total para su posterior detección mediante PCR cuantitativa en tiempo real (RT-qPCR). Las pruebas cuantitativas de ácidos nucleicos se han convertido en el “estándar de oro” para el diagnóstico y guía en la toma de decisiones clínicas. Sin embargo, los ensayos de RT-qPCR dirigidos al SARS-CoV-2 tienen varios desafíos, especialmente en términos de diseño de cebadores / sondas y de desarrollo de metodologías que permitan estimar la carga viral en pacientes con diagnóstico de COVID-19.

In December 2019, a new coronavirus disease (COVID-19) outbreak occurred in Wuhan, China. Severe acute respiratory syndrome-coronavirus-2 (SARS-CoV-2), which is the seventh coronavirus known to infect humans, is highly contagious and has rapidly expanded worldwide since its discovery. Quantitative nucleic acid testing has become the gold standard for diagnosis and guiding clinical decisions regarding the use of antiviral therapy. Total RNA is purified for subsequent SARS-CoV-2 detection by a real time quantitative RT-PCR (RT-qPCR). However, the RTqPCR assays targeting SARS-CoV-2 have a number of challenges, especially in terms of primer / probe design and in the development of methodologies to estimate viral load in patients diagnosed with COVID-19.