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dc.contributor.author
Alvarez, José M.
dc.contributor.author
Moyano, Tomás C.
dc.contributor.author
Zhang, Tao
dc.contributor.author
Gras, Diana Ester
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dc.contributor.author
Herrera, Francisco J.
dc.contributor.author
Araus, Viviana
dc.contributor.author
OBrien, José A.
dc.contributor.author
Carrillo, Laura
dc.contributor.author
Medina, Joaquín
dc.contributor.author
Vicente-Carbajosa, Jesús
dc.contributor.author
Jiang, Jiming
dc.contributor.author
Gutiérrez, Rodrigo A.
dc.date.available
2020-11-22T21:16:11Z
dc.date.issued
2019-09
dc.identifier.citation
Alvarez, José M.; Moyano, Tomás C.; Zhang, Tao; Gras, Diana Ester; Herrera, Francisco J.; et al.; Local changes in chromatin accessibility and transcriptional networks underlying the nitrate response in Arabidopsis roots; Oxford University Press; Molecular Plant; 12; 12; 9-2019; 1545-1560
dc.identifier.issn
1674-2052
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/118756
dc.description.abstract
Transcriptional regulation, determined by chromatin structure and regulatory elements interacting at promoter regions, is a key step in plant responses to environmental cues. Nitrate (NO3-) is a nutrient signal that regulates the expression of hundreds of genes in Arabidopsis thaliana. Here we integrate mRNA-seq, genome-wide RNA polymerase II (RNPII), ChIP-Seq and DNase-seq data sets to establish the relationship between RNPII occupancy and chromatin accessibility in response to NO3- treatments in Arabidopsis root organs. Genomic footprinting allowed us to identify in vivo regulatory elements controlling gene expression in response to NO3- treatments. NO3--modulated TF footprints are important for a rapid increase in RNPII occupancy and transcript accumulation over time. We mapped key TF regulatory interactions and functionally validated the role of NAP, a NAC-domain containing TF, as a new regulatory factor in NO3- transport. Our strategy provides a comprehensive view of transcriptional networks in response to a nutrient signal in Arabidopsis roots.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
NITRATE
dc.subject
TRANSCRIPTIONAL REGULATION
dc.subject
FOOTPRINTING
dc.subject
RNA POLYMERASE II
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Local changes in chromatin accessibility and transcriptional networks underlying the nitrate response in Arabidopsis roots
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-11-20T19:56:52Z
dc.journal.volume
12
dc.journal.number
12
dc.journal.pagination
1545-1560
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Alvarez, José M.. Pontificia Universidad Católica de Chile; Chile
dc.description.fil
Fil: Moyano, Tomás C.. Pontificia Universidad Católica de Chile; Chile
dc.description.fil
Fil: Zhang, Tao. Yangzhou University; China
dc.description.fil
Fil: Gras, Diana Ester. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto de Agrobiotecnología del Litoral. Universidad Nacional del Litoral. Instituto de Agrobiotecnología del Litoral; Argentina
dc.description.fil
Fil: Herrera, Francisco J.. University of California at Berkeley; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Araus, Viviana. Pontificia Universidad Católica de Chile; Chile
dc.description.fil
Fil: OBrien, José A.. Pontificia Universidad Católica de Chile; Chile
dc.description.fil
Fil: Carrillo, Laura. Universidad Politécnica de Madrid; España
dc.description.fil
Fil: Medina, Joaquín. Universidad Politécnica de Madrid; España
dc.description.fil
Fil: Vicente-Carbajosa, Jesús. Universidad Politécnica de Madrid; España
dc.description.fil
Fil: Jiang, Jiming. University Of Wisconsin-madison; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Gutiérrez, Rodrigo A.. Pontificia Universidad Católica de Chile; Chile
dc.journal.title
Molecular Plant
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1674205219302916
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.molp.2019.09.002
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