Resultados del primer bimestre de trabajo de la unidad de diagnóstico COVID-19 de la Facultad de Ciencias Veterinarias-UNLP

Abstract

La pandemia de la COVID-19 planteó el rápido diseño y aprobación excepcional de diversos métodos de diagnóstico. En la unidad de diagnóstico COVID- 19 de la FCV-UNLP, se realizó el diagnóstico molecular de la presencia de SARS-CoV-2 en 1114 hisopados de pacientes derivados por el Ministerio de Salud de la Provincia de Buenos Aires. Las muestras de ARN fueron purificadas en cabina de seguridad y se analizaron mediante real time RT-PCR con el kit GeneFinder? para tres targets virales (N, E y RdRp). De 1110 muestras con reacción al control interno, 458 (41,2%) fueron reactivas, 26,9% a tres targets virales, 4,2% a dos y cerca del 10% a uno (principalmente N). El porcentaje de positividad fue similar en el tiempo, aunque la cantidad fue mayor en julio (781 muestras; 315 reactivas) respecto a junio (333 muestras; 143 reactivas). Las muestras de Berisso, Ensenada y La Plata presentaron un porcentaje de positividad significativamente menor al de los demás municipios (27,6% vs. 60,7%). Las muestras de pacientes con tres o más signos relevantes presentaron una mayor positividad (55,6%) y menor reactividad a un único target. Es necesaria la validación interlaboratorios y la estandarización de los métodos para brindar resultados confiables y reproducibles.

The COVID-19 pandemic required rapid development and approval of diagnostic methods and kits. Nasal swab samples (n=1114) were derived to Faculty of Veterinary Sciences- UNLP COVID-19 diagnostic unit by the Buenos Aires Province Ministry of Health during June and July 2020, to perform molecular diagnosis of SARS- CoV-2. Samples of RNA were purified in a type II biosafety cabin and analyzed by real time RT-PCR with the GeneFinder™ kit, which amplifies 3 viral target genes (N, E y RdRp). Of the 1110 samples with positive internal control, 458 (41.2%) were positive (26.9% to all target genes, 4.2% to 2 target genes and almost 10% to one gene, mainlyN).Percentageofpositive samples remained similar throughout the study period, although the sample number was higher in July (781 samples; 315 positive) compared to June (333 samples; 143 positive). Samples from Berisso, Ensenada and La Plata had significantly lower positive rate than those coming from other counties (27.6% versus 60.7%, respectively). Positivity rate was higher in samples from patients with ≥3 clinical signs (55.6%). It is necessary to conduct inter-laboratory validation studies and standardization of diagnostic methods used in order to obtain reliable and reproducible results.