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dc.contributor.author
Filippi, Carla Valeria
dc.contributor.author
Merino, Gabriela Alejandra
dc.contributor.author
Montecchia, Juan Francisco
dc.contributor.author
Aguirre, Natalia Cristina
dc.contributor.author
Rivarola, Maximo Lisandro
dc.contributor.author
Naamati, Guy
dc.contributor.author
Fass, Mónica Irina
dc.contributor.author
Alvarez, Daniel
dc.contributor.author
Di Rienzo, Julio Alejandro
dc.contributor.author
Heinz, Ruth Amelia
dc.contributor.author
Contreras Moreira, Bruno
dc.contributor.author
Lia, Verónica Viviana
dc.contributor.author
Paniego, Norma Beatriz
dc.date.available
2020-06-10T14:31:38Z
dc.date.issued
2020-03
dc.identifier.citation
Filippi, Carla Valeria; Merino, Gabriela Alejandra; Montecchia, Juan Francisco; Aguirre, Natalia Cristina; Rivarola, Maximo Lisandro; et al.; Genetic Diversity, Population Structure and Linkage Disequilibrium Assessment among International Sunflower Breeding Collections; Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI); Genes; 11; 3; 3-2020; 1-15
dc.identifier.issn
2073-4425
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/107154
dc.description.abstract
Sunflower germplasm collections are valuable resources for broadening the genetic base of commercial hybrids and ameliorate the risk of climate events. Nowadays, the most studied worldwide sunflower pre-breeding collections belong to INTA (Argentina), INRA (France), and USDA-UBC (United States of America?Canada). In this work, we assess the amount and distribution of genetic diversity (GD) available within and between these collections to estimate the distribution pattern of global diversity. A mixed genotyping strategy was implemented, by combining proprietary genotyping-by-sequencing data with public whole-genome-sequencing data, to generate an integrative 11,834-common single nucleotide polymorphism matrix including the three breeding collections. In general, the GD estimates obtained were moderate. An analysis of molecular variance provided evidence of population structure between breeding collections. However, the optimal number of subpopulations, studied via discriminant analysis of principal components (K = 12), the Bayesian STRUCTURE algorithm (K = 6) and distance-based methods (K = 9) remains unclear, since no single unifying characteristic is apparent for any of the inferred groups. Different overall patterns of linkage disequilibrium (LD) were observed across chromosomes, with Chr10, Chr17, Chr5, and Chr2 showing the highest LD. This work represents the largest and most comprehensive inter-breeding collection analysis of genomic diversity for cultivated sunflower conducted to date
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
SUNFLOWER
dc.subject
BREEDING
dc.subject
LINKAGE DESEQUILIBRIUM
dc.subject
POPULATION STRUCTURE
dc.subject
GENETIC DIVERSITY
dc.subject.classification
Biotecnología Agrícola y Biotecnología Alimentaria
dc.subject.classification
Biotecnología Agropecuaria
dc.subject.classification
CIENCIAS AGRÍCOLAS
dc.title
Genetic Diversity, Population Structure and Linkage Disequilibrium Assessment among International Sunflower Breeding Collections
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-06-01T13:34:46Z
dc.journal.volume
11
dc.journal.number
3
dc.journal.pagination
1-15
dc.journal.pais
Suiza
dc.description.fil
Fil: Filippi, Carla Valeria. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigacion En Ciencias Veterinarias y Agronomicas. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Merino, Gabriela Alejandra. Universidad Nacional de Entre Ríos. Instituto de Investigación y Desarrollo en Bioingeniería y Bioinformática - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto de Investigación y Desarrollo en Bioingeniería y Bioinformática; Argentina
dc.description.fil
Fil: Montecchia, Juan Francisco. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigacion En Ciencias Veterinarias y Agronomicas. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Aguirre, Natalia Cristina. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigacion En Ciencias Veterinarias y Agronomicas. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigacion En Ciencias Veterinarias y Agronomicas. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Naamati, Guy. European Molecular Biology Laboratory. European Bioinformatics Institute.; Reino Unido
dc.description.fil
Fil: Fass, Mónica Irina. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigacion En Ciencias Veterinarias y Agronomicas. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular; Argentina
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Fil: Alvarez, Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Manfredi; Argentina
dc.description.fil
Fil: Di Rienzo, Julio Alejandro. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias; Argentina
dc.description.fil
Fil: Heinz, Ruth Amelia. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigacion En Ciencias Veterinarias y Agronomicas. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Contreras Moreira, Bruno. European Molecular Biology Laboratory. European Bioinformatics Institute.; Reino Unido
dc.description.fil
Fil: Lia, Verónica Viviana. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigacion En Ciencias Veterinarias y Agronomicas. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular; Argentina
dc.description.fil
Fil: Paniego, Norma Beatriz. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro de Investigacion En Ciencias Veterinarias y Agronomicas. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular. - Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Agrobiotecnologia y Biologia Molecular; Argentina
dc.journal.title
Genes
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.mdpi.com/2073-4425/11/3/283
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.3390/genes11030283
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