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dc.contributor.author
Mascarell Creus, Albert
dc.contributor.author
Cañizares, Joaquin
dc.contributor.author
Vilarrasa Blasi, Josep
dc.contributor.author
Mora Garcia, Santiago
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dc.contributor.author
Blanca, José
dc.contributor.author
Gonzalez Ibeas, Daniel
dc.contributor.author
Saladié, Montserrat
dc.contributor.author
Roig, Cristina
dc.contributor.author
Deleu, Wim
dc.contributor.author
Picó Silvent, Belén
dc.contributor.author
López Bigas, Nuria
dc.contributor.author
Aranda, Miguel A.
dc.contributor.author
Garcia Mas, Jordi
dc.contributor.author
Nuez, Fernando
dc.contributor.author
Puigdomènech, Pere
dc.contributor.author
Caño Delgado, Ana I.
dc.date.available
2020-04-02T16:55:45Z
dc.date.issued
2009-10
dc.identifier.citation
Mascarell Creus, Albert; Cañizares, Joaquin; Vilarrasa Blasi, Josep; Mora Garcia, Santiago; Blanca, José; et al.; An oligo-based microarray offers novel transcriptomic approaches for the analysis of pathogen resistance and fruit quality traits in melon (Cucumis melo L.); BioMed Central; BMC Genomics; 10; 467; 10-2009; 1-15
dc.identifier.issn
1471-2164
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/101671
dc.description.abstract
Background: Melon (Cucumis melo) is a horticultural specie of significant nutritional value, which belongs to the Cucurbitaceae family, whose economic importance is second only to the Solanaceae. Its small genome of approx. 450 Mb coupled to the high genetic diversity has prompted the development of genetic tools in the last decade. However, the unprecedented existence of a transcriptomic approaches in melon, highlight the importance of designing new tools for high-throughput analysis of gene expression. Results: We report the construction of an oligo-based microarray using a total of 17,510 unigenes derived from 33,418 high-quality melon ESTs. This chip is particularly enriched with genes that are expressed in fruit and during interaction with pathogens. Hybridizations for three independent experiments allowed the characterization of global gene expression profiles during fruit ripening, as well as in response to viral and fungal infections in plant cotyledons and roots, respectively. Microarray construction, statistical analyses and validation together with functional-enrichment analysis are presented in this study. Conclusion: The platform validation and enrichment analyses shown in our study indicate that this oligo-based microarray is amenable for future genetic and functional genomic studies of a wide range of experimental conditions in melon.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
BioMed Central
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
microarray
dc.subject
melon
dc.subject
pathogen resistance
dc.subject
fruit quality
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
An oligo-based microarray offers novel transcriptomic approaches for the analysis of pathogen resistance and fruit quality traits in melon (Cucumis melo L.)
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-03-13T13:37:09Z
dc.identifier.eissn
1471-2164
dc.journal.volume
10
dc.journal.number
467
dc.journal.pagination
1-15
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Mascarell Creus, Albert. Centro de Investigación en Agrigenómica; España
dc.description.fil
Fil: Cañizares, Joaquin. Universidad Politécnica de Valencia; España
dc.description.fil
Fil: Vilarrasa Blasi, Josep. Centro de Investigación en Agrigenómica; España
dc.description.fil
Fil: Mora Garcia, Santiago. Centro de Investigación en Agrigenómica; España. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Blanca, José. Universidad Politécnica de Valencia; España
dc.description.fil
Fil: Gonzalez Ibeas, Daniel. Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura; España
dc.description.fil
Fil: Saladié, Montserrat. Centro de Investigación en Agrigenómica; España
dc.description.fil
Fil: Roig, Cristina. Universidad Politécnica de Valencia; España
dc.description.fil
Fil: Deleu, Wim. Centro de Investigación en Agrigenómica; España
dc.description.fil
Fil: Picó Silvent, Belén. Universidad Politécnica de Valencia; España
dc.description.fil
Fil: López Bigas, Nuria. Universitat Pompeu Fabra; España
dc.description.fil
Fil: Aranda, Miguel A.. Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura; España
dc.description.fil
Fil: Garcia Mas, Jordi. Centro de Investigación en Agrigenómica; España
dc.description.fil
Fil: Nuez, Fernando. Universidad Politécnica de Valencia; España
dc.description.fil
Fil: Puigdomènech, Pere. Centro de Investigación en Agrigenómica; España
dc.description.fil
Fil: Caño Delgado, Ana I.. Centro de Investigación en Agrigenómica; España
dc.journal.title
BMC Genomics
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-10-467
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-10-467
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