Jaborá orthohantavirus in rodents of Alto Paraná Atlantic Forest: first description in Argentina

Abstract

The genus Orthohantavirusgroups rodent-borne hantaviruses, including non-pathogenic and pathogenic viruses. The latter include agents that cause hantavirus pulmonary syndrome (HPS), a severe disease endemic to the Americas. In northeastern Argentina, the first HPS cases were reported in Misiones province in 2003. The viruses Lechiguanas and Juquitiba were characterized from blood samples of HPS cases, but only the latter was found in rodents in the area. In neighboring areas of the Atlantic Forest in Brazil and Paraguay, Juquitiba and Jaborá viruses (JABV) were found associated with Oligoryzomys nigripesand Akodon montensis,respectively. We collected rodent samples from 2017 to 2020 and analyzed for IgG antibodies against hantavirus by ELISA. For the positive rodents, we extracted total RNA and performed reverse transcription-polymerase chain reaction (RT‐PCR) followed by a nested PCR. The phylogenetic analysis included 35 nucleotide sequences from the GenBank public repository. Of 746 captured rodents, IgG was detected in 14 A. montensis (28%, n=50). The viral genome amplification revealed a new orthohantavirus to Argentina. The genotype in consistent with the JABV found in neighboring countries.This paper reports JABV as a new orthohantavirus variant for Argentina, expanding the known range of this variant. This finding has public health relevance, because prevention is the main tool to avoid infection of humans.

El género Orthohantavirus agrupa los hantavirus transmitidos por roedores, incluidos los virus patógenos y no patógenos. Entre estos últimos se encuentran los agentes causantes del síndrome pulmonar por hantavirus (SPH), una enfermedad grave endémica de las Américas. En el noreste de Argentina, los primeros casos de SPH se registraron en 2003. Se caracterizaron los hantavirus Lechiguanas y Juquitiba a partir de los casos de SPH, pero solo el último se encontró en roedores de la zona. Los virus Juquitiba y Jaborá (JABV) fueron encontrados posteriormente en áreas cercanas de la Mata Atlántica en Brasil y Paraguay, asociados a Oligoryzomys nigripesy Akodon montensis, respectivamente. Aquí analizamos muestras de roedores obtenidas entre 2017 y 2020 y detectamos anticuerpos IgG contra orthohantavirus mediante la técnica ELISA. Para los roedores positivos, se extrajo el ARN total y se sometió ala transcripción inversa-reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) seguida de una PCR anidada. Parael análisis filogenético se incluyeron 35 secuencias de nucleótidos del repositorio público GenBank. De 746roedores capturados, se detectó IgG en 14A. montensis(28%, n=50). La amplificación del genoma viral reveló un nuevo orthohantavirus para Argentina, cuyo genotipo es consistente con el JABV encontrado en países limítrofes. Este estudio informa al JABV como una nueva variante de orthohantavirus para Argentina, y expande así el rango conocido de esta variante. Este hallazgo es de relevancia en salud pública, en relación a una patología donde la prevención es la principal herramienta para evitar la infección a humanos.