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dc.contributor.author
Vidal, Pablo Javier
dc.contributor.author
Olivera, Ana Carolina
dc.date.available
2020-03-04T18:55:16Z
dc.date.issued
2018-01
dc.identifier.citation
Vidal, Pablo Javier; Olivera, Ana Carolina; Ensamblado de fragmentos de ADN utilizando un novedoso algoritmo de luciérnaga en GPU; Universidad Nacional de Colombia; Dyna; 85; 204; 1-2018; 108-116
dc.identifier.issn
0012-7353
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/98778
dc.description.abstract
El problema de ensamblado de fragmentos de cadenas de ácido desoxirribonucleico (Deoxyribonucleic Acid Fragment Assembly Problem, DNA-FAP) consiste en la reconstrucción de cadenas de ADN desde un conjunto de fragmentos tomados aleatoriamente. El DNA-FAP ha sido resuelto por diferentes autores utilizando distintos enfoques. Aunque se obtienen buenos resultados, el tiempo computacional asociado es alto. El algoritmo de luciérnaga (Firefly Algorithm, FA) es un modelo bioinspirado basado en el comportamiento de las luciérnagas. Al ser un algoritmo bioinspirado poblacional es posible generar un modelo paralelo del mismo sobre Unidades de Procesamiento Gráfico (Graphics Processing Units, GPU). En este trabajo un algoritmo de luciérnaga es diseñado especialmente para ser ejecutado sobre una arquitectura GPU de manera tal de acelerar el proceso computacional buscando resolver el DNA-FAP. A través de diferentes experimentos se demuestra la eficiencia computacional y la calidad de los resultados obtenidos.
dc.description.abstract
The Deoxyribonucleic Acid Fragment Assembly Problem (DNA-FAP) consists in reconstruct a DNA chain from a set of fragments taken randomly. Several authors solved the DNA-FAP using different approaches. In general, although it was obtaining good results; the computational time associated is high. The Firefly Algorithm (FA) is a bioinspired model based on the behaviour of fireflies. Considering that FA is a population bioinspired algorithm is possible design a parallel model of itself on Graphics Processing. In this work, a FA especially development for its execution on GPU is presented in order to accelerate the computational process to solve the DNA-FAP. Through several experiments the efficiency of the algorithm and the quality of the results were demonstrated. Ver más
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
spa
dc.publisher
Universidad Nacional de Colombia
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
FIREFLY ALGORITHM
dc.subject
FRAGMENT ASSEMBLY PROBLEM
dc.subject
GRAPHICS PROCESSING UNITS
dc.subject
OPTIMIZATION
dc.subject
PARALLELISM
dc.subject.classification
Ciencias de la Información y Bioinformática
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Ensamblado de fragmentos de ADN utilizando un novedoso algoritmo de luciérnaga en GPU
dc.title
DNA fragment assembling using a novel GPU firefly algorithm
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2020-03-03T15:05:32Z
dc.journal.volume
85
dc.journal.number
204
dc.journal.pagination
108-116
dc.journal.pais
Colombia
dc.journal.ciudad
Medellín
dc.description.fil
Fil: Vidal, Pablo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge: Sede Caleta Olivia - Santa Cruz | Universidad Nacional de la Patagonia Austral. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge: Sede Caleta Olivia - Santa Cruz | Universidad Nacional de la Patagonia "san Juan Bosco". Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge: Sede Caleta Olivia - Santa Cruz; Argentina
dc.description.fil
Fil: Olivera, Ana Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge: Sede Caleta Olivia - Santa Cruz | Universidad Nacional de la Patagonia Austral. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge: Sede Caleta Olivia - Santa Cruz | Universidad Nacional de la Patagonia "san Juan Bosco". Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge. Centro de Investigaciones y Transferencia Golfo San Jorge: Sede Caleta Olivia - Santa Cruz; Argentina
dc.journal.title
Dyna
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.15446/dyna.v85n204.60078
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://revistas.unal.edu.co/index.php/dyna/article/view/60078
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://ref.scielo.org/4dgfzh
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