Desarrollo de una base de datos genéticos para la caracterización del germoplasma argentino de soja

Abstract

Argentina es actualmente el primer exportador mundial de aceites y harinas de soja y el tercer productor mundial de semillas de soja. El objetivo de este trabajo fue desarrollar un banco de datos genéticos basado en marcadores moleculares de SSR (Repeticiones de Secuencia Simple, o Microsatélites) y AFLP (polimorfismos en el largo de los fragmentos amplificados) para caracterizar el germoplasma argentino de soja, facilitar la identificación de variedades y asistir al mejoramiento genético. Se estudiaron 51 loci SSR y 15 combinaciones de cebadores AFLP en los 86 cultivares de soja más utilizados en Argentina. Los SSR revelaron en promedio 5 alelos por locus, con una diversidad génica media de 0,523. Los AFLP detectaron en promedio 17 bandas polimórficas por combinación de oligonucleótidos, con una diversidad génica media de 0,1924. Los 86 cultivares estudiados mostraron coeficientes de similitud genética medios de 0,292 y 0,921 para SSR y AFLP, respectivamente. La base de datos de SSR se validó en forma exitosa a través de la identificación de muestras incógnitas remitidas al laboratorio. Además, se seleccionó un subconjunto de 20 marcadores SSR altamente informativos que permite discriminar cualquier accesión del banco de manera simple y eficiente, y que pueden ser utilizados en estudios rápidos de identificación o diferenciación de nuevos cultivares. Los marcadores AFLP produjeron dendrogramas basados en la distancia genética donde los materiales agruparon de acuerdo al obtentor. Estos resultados sugieren que los marcadores AFLP reflejan fielmente las relaciones de parentesco entre las variedades, resultando apropiados para seleccionar materiales genéticamente divergentes.

Argentina is currently the leading country in terms of soybean oil and flour exports, and ranks third in soybean seed production. The aim of this work was to develop a genetic database based on SSR (Simple Sequence Repeats, or Microsatellites) and AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms) markers, in order to characterize the argentine soybean germplasm, allow cultivar identification and provide assistance to breeding. Fifty-one SSR loci and 15 AFLP primer combinations were analyzed on the 86 soybean cultivars most used in Argentina. The SSR markers revealed an average of 5 alleles per locus and a genic diversity of 0.523. The AFLP markers showed an average of 17 polymorphic bands per primer combination and a genic diversity of 0.1924. The 86 cultivars under analysis showed coefficients of mean genetic similarities of 0.292 and 0.921 for SSR and AFLP, respectively. The SSR database was successfully validated for the identification of unknown samples. A subset of 20 highlyinformative SSR markers was selected to achieve an effective discrimination of any databank accession by means of a simple and efficient procedure, in order to be used for rapid identification analysis and differentiation of new cultivars. The AFLP markers produced dendrograms based on genetic distance in which the plant materials grouped according to the identity of the breeder. These results suggest that AFLP markers accurately reflect the parentage relationship among cultivars, and are appropriate to the selection of genetically divergent materials.