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dc.contributor.author
Bertani, Romina Priscila
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dc.contributor.author
Perera, María Francisca
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dc.contributor.author
Joya, Constanza María
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dc.contributor.author
Henriquez, Diego Daniel
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dc.contributor.author
Funes, Claudia
dc.contributor.author
Chaves, Solana
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dc.contributor.author
González, Victoria
dc.contributor.author
Welin, Björn
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dc.contributor.author
Cuenya, María Inés
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dc.contributor.author
Castagnaro, Atilio Pedro
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dc.date.available
2023-01-13T10:56:52Z
dc.date.issued
2021-09
dc.identifier.citation
Bertani, Romina Priscila; Perera, María Francisca; Joya, Constanza María; Henriquez, Diego Daniel; Funes, Claudia; et al.; Genetic diversity and population structure of Acidovorax avenae subsp. avenae isolated from sugarcane in Argentina; Wiley Blackwell Publishing, Inc; Plant Pathology; 70; 7; 9-2021; 1719-1732
dc.identifier.issn
0032-0862
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/184633
dc.description.abstract
A significant increase in the occurrence of red stripe (caused by Acidovorax avenae subsp. avenae) has been observed in the last decade in Argentina. Considering that no extensive sampling of the main sugarcane-producing area in the country has been conducted to characterize the diversity and population structure of A. avenae subsp. avenae, molecular markers were employed to analyse 112 isolates from Tucumán. By using repetitive element polymorphism-based polymerase chain reaction (rep-PCR) almost all isolates were differentiated and grouped into 10 clusters, revealing a high genetic diversity. Using the amplified fragment length polymorphism (AFLP) technique, five pairs of isolates were discriminated that could not be distinguished with rep-PCR. Cluster analysis showed no clear association between isolate clustering, sugarcane host genotype, crop age, type of tissue sampled, fertilization, or year of sampling. Linkage equilibrium analysis by using rep-PCR data indicated that the population has some degree of clonality. Three housekeeping genes were also sequenced: ugpB and pilT sequences were highly similar to A. avenae subsp. avenae sequences from other Argentinian isolates, whereas the lepA sequence did not reveal significant similarity. An additional four housekeeping genes could not be amplified, suggesting the existence of differences in those regions. Subsequently, virulence of 14 A. avenae subsp. avenae isolates was evaluated under controlled conditions. Results showed a differential level of aggressiveness among the isolates on a resistant sugarcane variety. This study confirmed that rep-PCR is an adequate tool for genetic analysis and population structure characterization in bacteria, and revealed both high genetic diversity and clonal population structure of A. avenae subsp. avenae in Tucumán, Argentina.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley Blackwell Publishing, Inc
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
ACIDOVORAX AVENAE SUBSP. AVENAE
dc.subject
AFLP
dc.subject
DIVERSITY AND POPULATION STRUCTURE
dc.subject
HOUSEKEEPING GENES
dc.subject
REP-PCR FINGERPRINTING
dc.subject
VIRULENCE
dc.subject.classification
Agronomía, reproducción y protección de plantas
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dc.subject.classification
Agricultura, Silvicultura y Pesca
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dc.subject.classification
CIENCIAS AGRÍCOLAS
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dc.title
Genetic diversity and population structure of Acidovorax avenae subsp. avenae isolated from sugarcane in Argentina
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2022-09-21T15:09:57Z
dc.journal.volume
70
dc.journal.number
7
dc.journal.pagination
1719-1732
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Bertani, Romina Priscila. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Perera, María Francisca. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Joya, Constanza María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Henriquez, Diego Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Funes, Claudia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Chaves, Solana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.description.fil
Fil: González, Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Welin, Björn. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cuenya, María Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Castagnaro, Atilio Pedro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucuman. Instituto de Tecnología Agroindustrial del Noroeste Argentino; Argentina
dc.journal.title
Plant Pathology
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1111/ppa.13413
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