Development of a non-radioactive molecular hybridization probe for detecting Strawberry mottle virus in strawberry

Abstract

La propagación vegetativa del cultivo de frutilla favorece la transmisión de patógenos sistémicos, como es el caso de los virus, que constituyen uno de los principales factores limitantes. Se han descripto más de 20 virus que infectan esta especie; el Strawberry mottle virus (SMoV) es uno de los más frecuentes y responsable de importantes pérdidas económicas. Debido a la falta de antisuero disponible comercialmente para un diagnóstico serológico, el SMoV es detectado fundamentalmente mediante reacción en cadena de la polimerasa con transcripción reversa (RT-PCR). En este estudio se desarrolló una sonda de hibridación molecular no radioactiva para su detección. Se sintetizó cDNA con cebadores específicos diseñados a partir de la región 3’ no codificante del genoma viral. El cDNA obtenido fue clonado, marcado y utilizado como sonda. Se evaluaron seis protocolos de extracción de ARN viral a partir de plantas infectadas, de los cuales el método de bromuro de cetiltrimetilamonio modificado (CTAB) fue el más eficiente. Se evaluaron hojas de diferentes estados fenológicos y pecíolos, y fueron las hojas viejas y los pecíolos los que mostraron mayor reacción.

The vegetative propagation of strawberries favors transmission of systemicpathogens, such as viruses, which are one of the main yield-limiting factorsfor this crop. More than 20 viruses have been described as infecting thisspecies; one of the most frequent is the Strawberry mottle virus (SMoV), whichis responsible for significant economic losses. SMoV is usually detected byreverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), given that serum isnot available for serological tests. In this study, a non-radioactive molecularprobe was developed for SMoV detection. The cDNA was synthesized byRT-PCR using specific primers designed from the 3?UTR region of the viralgenome. The cloned cDNA segment was labeled and used as a probe. Six RNAextraction protocols were evaluated, and the modified cetyltrimethylammoniumbromide (CTAB) method showed the highest sensitivity level. Leaves at differentphenological stages and petioles were evaluated; the highest reaction wasobserved in old leaves and in petioles.