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dc.contributor.author
Quiros, D. Nicolas
dc.contributor.author
Nieto, Franco
dc.contributor.author
Mayorga, Luis Segundo
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dc.date.available
2021-09-24T11:26:33Z
dc.date.issued
2020-12
dc.identifier.citation
Quiros, D. Nicolas; Nieto, Franco; Mayorga, Luis Segundo; From cartoons to quantitative models in Golgi transport; Journal of the Serbian Chemical Society; Biology Of The Cell; 113; 3; 12-2020; 146-164
dc.identifier.issn
0248-4900
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/141424
dc.description.abstract
Background: Cell biology is evolving to become a more formal and quantitative science. In particular, several mathematical models have been proposed to address Golgi self-organisation and protein and lipid transport. However, most scientific articles about the Golgi apparatus are still using static cartoons that miss the dynamism of this organelle. Results: In this report, we show that schematic drawings of Golgi trafficking can be easily translated into an agent-based model using the Repast platform. The simulations generate an active interplay among cisternae and vesicles rendering quantitative predictions about Golgi stability and transport of soluble and membrane-associated cargoes. The models can incorporate complex networks of molecular interactions and chemical reactions by association with COPASI, a software that handles ordinary differential equations. Conclusions: The strategy described provides a simple, flexible and multiscale support to analyse Golgi transport. The simulations can be used to address issues directly linked to the mechanism of transport or as a way to incorporate the complexity of trafficking to other cellular processes that occur in dynamic organelles. Significance: We show that the rules implicitly present in most schematic representations of intracellular trafficking can be used to build dynamic models with quantitative outputs that can be compared with experimental results.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Journal of the Serbian Chemical Society
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
AGENT-BASED MODELS
dc.subject
GOLGI TRANSPORT
dc.subject
INTRACELLULAR TRAFFICKING
dc.subject
QUANTITATIVE CELL BIOLOGY
dc.subject.classification
Biología Celular, Microbiología
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
From cartoons to quantitative models in Golgi transport
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2021-09-06T19:57:30Z
dc.journal.volume
113
dc.journal.number
3
dc.journal.pagination
146-164
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Quiros, D. Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Nieto, Franco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Mayorga, Luis Segundo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; Argentina
dc.journal.title
Biology Of The Cell
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1111/boc.202000107
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