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dc.contributor.author
Krick, Teresa Elena Genoveva
dc.contributor.author
Verstraete, Nina
dc.contributor.author
Alonso, Leonardo Gabriel
dc.contributor.author
Shub, David A.
dc.contributor.author
Ferreiro, Diego
dc.contributor.author
Shub, Michael Ira
dc.contributor.author
Sánchez Miguel, Ignacio Enrique
dc.date.available
2017-07-19T22:04:04Z
dc.date.issued
2014-08
dc.identifier.citation
Krick, Teresa Elena Genoveva; Verstraete, Nina; Alonso, Leonardo Gabriel; Shub, David A.; Ferreiro, Diego; et al.; Amino acid metabolism conflicts with protein diversity; Oxford University Press; Molecular Biology and Evolution; 31; 11; 8-2014; 2905-2912
dc.identifier.issn
0737-4038
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/20979
dc.description.abstract
The 20 protein-coding amino acids are found in proteomes with different relative abundances. The most abundant amino acid, leucine, is nearly an order of magnitude more prevalent than the least abundant amino acid, cysteine. Amino acid metabolic costs differ similarly, constraining their incorporation into proteins. On the other hand, a diverse set of protein sequences is necessary to build functional proteomes. Here, we present a simple model for a cost-diversity trade-off postulating that natural proteomes minimize amino acid metabolic flux while maximizing sequence entropy. The model explains the relative abundances of amino acids across a diverse set of proteomes. We found that the data are remarkably well explained when the cost function accounts for amino acid chemical decay. More than 100 organisms reach comparable solutions to the trade-off by different combinations of proteome cost and sequence diversity. Quantifying the interplay between proteome size and entropy shows that proteomes can get optimally large and diverse.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Amino Acid Decay
dc.subject
Amino Acid Metabolism
dc.subject
Information Theory
dc.subject
Proteomics
dc.subject
Maximum Entropy
dc.subject.classification
Biología Celular, Microbiología
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Amino acid metabolism conflicts with protein diversity
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-06-26T14:06:43Z
dc.journal.volume
31
dc.journal.number
11
dc.journal.pagination
2905-2912
dc.journal.pais
Reino Unido
dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Krick, Teresa Elena Genoveva. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Investigaciones Matemáticas "Luis A. Santaló". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Matemáticas "Luis A. Santaló"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Verstraete, Nina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Alonso, Leonardo Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Shub, David A.. State University of New York; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Ferreiro, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Shub, Michael Ira. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Investigaciones Matemáticas "Luis A. Santaló". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Investigaciones Matemáticas "Luis A. Santaló"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Sánchez Miguel, Ignacio Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.journal.title
Molecular Biology and Evolution
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msu228
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/mbe/article-lookup/doi/10.1093/molbev/msu228
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://arxiv.org/abs/1403.3301
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4209132/
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